[日本語] English
万見
- PDB-1pzb: THE CRYSTAL STRUCTURES OF REDUCED PSEUDOAZURIN FROM ALCALIGENES F... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pzb
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURES OF REDUCED PSEUDOAZURIN FROM ALCALIGENES FAECALIS S-6 AT TWO PH VALUES
要素PSEUDOAZURIN
キーワードELECTRON TRANSFER(CUPROPROTEIN)
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Pseudoazurin / Amicyanin/Pseudoazurin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like ...Pseudoazurin / Amicyanin/Pseudoazurin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Pseudoazurin
類似検索 - 構成要素
生物種Alcaligenes faecalis (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Petratos, K.
引用
ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1994
タイトル: The crystal structures of reduced pseudoazurin from Alcaligenes faecalis S-6 at two pH values.
著者: Vakoufari, E. / Wilson, K.S. / Petratos, K.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1988
タイトル: Refinement of the Structure of Pseudoazurin from Alcaligenes Faecalis S-6 at 1.55 Angstroms Resolution
著者: Petratos, K. / Dauter, Z. / Wilson, K.S.
履歴
登録1994年8月3日処理サイト: BNL
改定 1.01994年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET THE NINE-STRANDED SHEET DESCRIBED BELOW IS ACTUALLY AN EIGHT-STRANDED BETA BARREL. THIS IS ...SHEET THE NINE-STRANDED SHEET DESCRIBED BELOW IS ACTUALLY AN EIGHT-STRANDED BETA BARREL. THIS IS DENOTED BY THE FIRST STRAND RECURRING AS THE LAST STRAND. STRAND 8 IS ADJACENT TO STRAND 9 (STRAND 1) BUT THERE ARE NO INTERSTRAND H-BONDS. THE SHEET PRESENTED AS *S1* ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN EIGHT-STRANDED BETA-BARREL. THIS IS REPRESENTED BY A NINE-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PSEUDOAZURIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4472
ポリマ－13,3841
非ポリマー641
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.950, 49.950, 98.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 20
2: THE TERMINAL NZ ATOM OF LYS 38 WAS REFINED AT TWO POSITIONS (DENOTED AS A AND B) EACH OF WHICH WAS ASSIGNED OCCUPANCY COEFFICIENT = 0.50.
3: WATER MOLECULES WITH NUMBERS: 33, 67, 90, AND 93 WERE REFINED WITH OCCUPANCY COEFFICIENT SET TO 0.50.

-
要素

#1: タンパク質 PSEUDOAZURIN


分子量: 13383.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alcaligenes faecalis (バクテリア)
参照: UniProt: P04377
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.56 %
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Petratos, K., (1987) FEBS Lett., 218, 209.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.5 %protein 1drop
21.5 Mammonium sulfate1drop
350 mMpotassium phosphate1drop
43.0 Mammonium sulfate1reservoir

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 12660 / Num. measured all: 97396 / Rmerge(I) obs: 0.05

-
解析

ソフトウェア
名称分類
PROLSQ精密化
PROTIN精密化
精密化解像度: 1.8→10 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数
obs0.177 12654
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数917 0 1 92 1010
ソフトウェア
*PLUS
名称: SFALL/PROTIN/PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.177
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 29.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg3.2
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る