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- PDB-1pyz: CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF MIMOCHROME IV -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pyz
タイトルCRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF MIMOCHROME IV
要素MIMOCHROME IV, MINIATURIZED METALLOPROTEIN
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / MINIATURIZED METALLOPROTEIN / MAD ON THE COBALT EDGE
機能・相同性CO(III)-(DEUTEROPORPHYRIN IX)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / MAD on the cobalt edge / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Di Costanzo, L. / Geremia, S. / Randaccio, L. / Nastri, F. / Maglio, O. / Lombardi, A. / Pavone, V.
引用
ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2004
タイトル: Miniaturized heme proteins: crystal structure of Co(III)-mimochrome IV.
著者: Di Costanzo, L. / Geremia, S. / Randaccio, L. / Nastri, F. / Maglio, O. / Lombardi, A. / Pavone, V.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: "Design of a new mimochrome with unique topology"
著者: Lombardi, A. / Nastri, F. / Marasco, D. / Maglio, O. / De Sanctis, G. / Sinibaldi, F. / Santucci, R. / Coletta, M. / Pavone, V.
履歴
登録2003年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42018年6月27日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MIMOCHROME IV, MINIATURIZED METALLOPROTEIN
B: MIMOCHROME IV, MINIATURIZED METALLOPROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,8534
ポリマ－2,2502
非ポリマー6032
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: MIMOCHROME IV, MINIATURIZED METALLOPROTEIN
B: MIMOCHROME IV, MINIATURIZED METALLOPROTEIN
ヘテロ分子

A: MIMOCHROME IV, MINIATURIZED METALLOPROTEIN
B: MIMOCHROME IV, MINIATURIZED METALLOPROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7078
ポリマ－4,5014
非ポリマー1,2064
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_544x,x-y-1,-z-1/31
Buried area3460 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area3500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.536, 65.536, 23.529
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-68-

CL

21B-18-

HOH

31B-31-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド MIMOCHROME IV, MINIATURIZED METALLOPROTEIN


分子量: 1125.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-DEU / CO(III)-(DEUTEROPORPHYRIN IX)


分子量: 567.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H28CoN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
解説: FOUR DATA SET WHERE COLLECTED WITH VAWELENGHT 1.000(A) 1.606(A),1.612(A)
結晶化手法: 蒸発脱水法 / 詳細: water and 2-propanol, EVAPORATION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.000, 1.604, 1.606, 1.612
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年4月21日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.6041
31.6061
41.6121
反射解像度: 1.25→16.4 Å / Num. obs: 8061 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 15 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.25→1.32 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.636 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 86.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MLPHARE位相決定
RSPSFROM CCP4.SHELXL FOR THE REFINEMENモデル構築
SHELXVERSION 97-1精密化
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: MAD on the cobalt edge / 解像度: 1.25→16.4 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 4 / σ(I): 2
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT FOR COBALT AND CHLORIDE IONS. NO GEOMETRIC OR ADP RESTRAINTS APPLIED TO COBALT ATOM.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.179 314 5 %RANDOM
Rwork0.173 ---
all-7651 --
obs-7651 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→16.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数160 0 38 67 265
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d2.6
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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