PDB-1pyq: Unprocessed Aspartate Decarboxylase Mutant, with Alanine inserted...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1pyq

タイトル

Unprocessed Aspartate Decarboxylase Mutant, with Alanine inserted at position 24

要素

Aspartate 1-decarboxylase

キーワード

LYASE / Autoprocessing / Aspartate Decarboxylase / Pyruvoyl

機能・相同性

機能・相同性情報

alanine biosynthetic process / aspartate 1-decarboxylase / aspartate 1-decarboxylase activity / pantothenate biosynthetic process / protein autoprocessing / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Schmitzberger, F. / Kilkenny, M.L. / Lobley, C.M.C. / Webb, M.E. / Vinkovic, M. / Matak-Vinkovic, D. / Witty, M. / Chirgadze, D.Y. / Smith, A.G. / Abell, C. / Blundell, T.L.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Structural Constraints on protein self-processing in L-aspartate-alpha-decarboxylase
著者: Schmitzberger, F. / Kilkenny, M.L. / Lobley, C.M.C. / Webb, M.E. / Vinkovic, M. / Matak-Vinkovic, D. / Witty, M. / Chirgadze, D.Y. / Smith, A.G. / Abell, C. / Blundell, T.L.

履歴

登録	2003年7月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1pyq.cif.gz	110.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1pyq.ent.gz	87.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1pyq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1pyq_validation.pdf.gz	447.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1pyq_full_validation.pdf.gz	447.8 KB	表示
XML形式データ	1pyq_validation.xml.gz	12.9 KB	表示
CIF形式データ	1pyq_validation.cif.gz	18 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/1pyq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/1pyq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1ppyC 1pqeC 1pqfC 1pqhC 1pt0C 1pt1C 1pyuC 1aw8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4azd-1 1aw8-1 1pt0-1 1pt1-1 6p02-2 4aon-1 2c45-2 1ppy-1 6oz8-1 2eeo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aspartate 1-decarboxylase

B: Aspartate 1-decarboxylase

ヘテロ分子

32.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aspartate 1-decarboxylase

B: Aspartate 1-decarboxylase

ヘテロ分子

A: Aspartate 1-decarboxylase

B: Aspartate 1-decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.911, 70.911, 218.665
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

詳細

The biological assembly is a tetramer, generated from the dimer in the asymmetric unit by the symmetry operation x, x-y, 1/6-z.

#1: タンパク質	Aspartate 1-decarboxylase / Aspartate alpha-decarboxylase 分子量: 15850.979 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: PAND / プラスミド: pRSETa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 DE3 / 参照: UniProt: P0A790, aspartate 1-decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.8 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.1M citric acid, 1.6M ammonium sulphate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

結晶化

*PLUS

温度: 19 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	5-9 mg/ml	protein	1	drop
2	1.4-1.6 M	ammonium sulfate	1	reservoir
3	0.1 M	citric acid	1	reservoir	pH4.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月14日 / 詳細: vertical focusing mirror
放射	モノクロメーター: Si 111, bent, triangular, liquid gallium cooled プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→25 Å / Num. all: 26521 / Num. obs: 25960 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.32 % / B_iso Wilson estimate: 33.3 Å² / R_sym value: 0.051 / Net I/σ(I): 45.78
反射シェル	解像度: 1.9→1.949 Å / Mean I/σ(I) obs: 9.65 / Num. unique all: 1815 / R_sym value: 0.298 / % possible all: 100
反射	PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 25 Å / Num. obs: 26749 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 29.3 % / R_merge(I) obs*: 0.051
反射シェル	PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 1.94 Å / % possible obs: 100 % / R_merge(I) obs: 0.298 / Mean I/σ(I) obs*: 9.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1aw8

1aw8

解像度: 1.9→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 2.126 / SU ML: 0.063 / Isotropic thermal model: TLS refinement / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17891	1337	5 %	RANDOM
R_work	0.16633	-	-	-
obs	0.16697	25184	99.5 %	-
all	-	26521	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.809 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.22 Å²	0.11 Å²	0 Å²
2-	-	0.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.34 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.207 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1771	0	20	172	1963

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	1839
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	1646
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.531	1.927	2493
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.825	3	3801
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.946	5	234
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	282
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2090
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	380
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	333
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.253	0.2	1924
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.222	0.2	110
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.217	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.337	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.207	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.733	1.5	1168
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.292	2	1858
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.207	3	671
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.584	4.5	635

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.256	94
R_work	0.196	1815
obs	-	1815

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	33.7383	10.5494	24.2801	86.4625	5.5203	9.9044	0.7809	-1.2911	-1.0426	1.3144	-0.2478	4.1107	0.6966	-1.7311	-0.5331	0.1605	-0.1217	0.0164	0.3913	0.0243	0.3675	40.2198	29.323	10.8233
2	5.1691	3.7089	5.7289	2.6153	5.3938	8.9154	-0.1175	0.0172	0.2726	-0.1174	0.0261	0.0444	-0.2791	0.2494	0.0914	0.1058	-0.0285	-0.0255	0.0497	0.0095	0.0763	55.0084	45.6843	27.6921
3	147.2653	9.2413	48.2376	10.4694	5.1393	30.0556	1.5496	-3.8037	-4.3435	1.9774	0.3353	-0.4661	1.2108	0.7206	-1.8848	0.5609	0.0905	-0.1307	0.4565	0.0321	0.4631	68.7691	36.7923	38.4614
4	17.2562	-2.4814	0.5862	3.6159	7.7605	-9.47	0.0757	-0.1449	-0.131	-0.0199	0.0197	-0.3856	0.0507	-0.1122	-0.0954	0.1251	-0.0274	-0.0233	0.1071	-0.0058	0.0726	58.2841	41.8754	36.7905
5	10.3437	0.9335	8.932	1.45	3.147	13.3775	0.2453	-0.3344	-0.0311	0.3412	-0.1307	0.4112	0.003	-0.3214	-0.1146	0.1303	-0.0549	0.0081	0.1046	-0.0339	0.0582	50.2774	44.5924	38.4136
6	1.9564	1.2654	1.2951	4.3423	1.5231	1.3715	-0.0852	-0.0248	-0.0458	-0.0145	0.0262	-0.1272	0.0477	0.1319	0.059	0.0895	-0.0201	-0.0451	0.0865	0.0078	0.0647	58.1027	42.6907	32.1013
7	8.9251	-3.227	2.1181	9.8936	2.9373	0.5379	-0.0768	-0.1215	-0.1215	0.0837	0.0684	-0.4547	0.0215	0.391	0.0084	0.1021	-0.0245	-0.0196	0.1091	-0.0287	0.0771	61.471	45.2536	38.4423
8	18.3527	-4.9917	4.3361	-10.4023	15.6037	-7.4928	-0.514	-0.2233	-1.3275	0.4422	0.4367	0.0184	0.5185	0.9825	0.0773	0.2388	0.023	-0.0334	0.2346	-0.0539	0.3026	68.81	39.5467	34.3134
9	1.9031	2.2271	2.7106	2.3107	2.7572	4.3204	-0.0848	-0.1088	0.223	-0.0614	-0.1502	0.1779	-0.2316	-0.2476	0.2349	0.1247	-0.0178	-0.0359	0.0899	0.0029	0.0842	51.6667	46.7527	27.1138
10	4.0224	2.6646	-0.055	9.9551	-1.609	3.2559	-0.1191	0.1966	0.448	-0.496	-0.0227	-0.2102	-0.306	0.1856	0.1418	0.0524	-0.0145	0.0021	0.1297	0.0441	0.0746	55.9074	41.7256	6.0988
11	14.3476	-2.7043	10.2651	14.4786	2.1386	30.9566	-0.1606	-0.7288	2.0506	0.5508	-0.5257	-0.447	-1.6943	-2.1297	0.6863	0.4393	-0.0071	0.0156	0.4143	0.0282	0.4528	53.9432	56.9736	18.7368
12	5.644	8.2087	19.8103	-4.0254	-6.4732	23.3452	0.003	-0.1526	-0.0512	-0.0869	0.2863	0.1589	-0.4397	-0.0377	-0.2893	0.1998	0.0032	0.0466	0.0752	0.0677	0.2463	53.2487	51.7845	11.0992
13	3.7647	0.1399	0.9085	13.7669	6.8216	7.3764	-0.2073	0.4641	0.7396	0.0248	0.0107	0.6405	-0.433	-0.3503	0.1966	0.2	0.0272	-0.0496	0.1144	0.1398	0.2062	47.5891	50.6935	4.7329
14	5.3779	1.4358	-0.9849	2.4797	-0.5466	4.0242	0.0152	0.0452	0.5697	-0.119	0.0945	-0.1124	-0.4336	0.0493	-0.1097	0.1692	-0.0238	-0.0132	0.0525	0.0371	0.1142	55.367	47.8598	10.186
15	15.8275	19.5205	17.4392	6.0463	3.0306	26.3816	-0.399	0.6506	0.8022	0.1238	0.4919	0.4038	-0.8576	0.8327	-0.0929	0.2853	-0.0197	0.0378	0.1308	0.1111	0.2878	56.5277	55.1983	9.7364
16	-40.5554	11.5666	27.4026	14.2998	-9.7899	8.1465	-0.1541	-1.3801	0.3078	1.1875	0.6868	-1.7964	-1.1847	0.533	-0.5327	0.6371	-0.0621	-0.0298	0.577	0.0341	0.5612	63.5414	53.0555	18.1848
17	3.6683	2.7291	-0.0488	7.1174	0.2356	2.2051	-0.1152	0.5087	0.3212	-0.6585	0.1484	0.0485	-0.3374	0.0887	-0.0332	0.1299	0.0003	0.0044	0.1701	0.0637	0.087	54.1103	40.7497	2.878

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	-3 - 1	14 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	2 - 19	19 - 36
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	20 - 26	37 - 43
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	27 - 29	44 - 46
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	30 - 36	47 - 53
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	37 - 68	54 - 85
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	69 - 72	86 - 89
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	73 - 77	90 - 94
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	78 - 116	95 - 133
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	1 - 19	18 - 36
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	20 - 26	37 - 43
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	27 - 29	44 - 46
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	30 - 36	47 - 53
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	37 - 68	54 - 85
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	B	69 - 72	86 - 89
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	B	73 - 79	90 - 96
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	B	80 - 116	97 - 133

精密化

*PLUS

R_factor R_free: 0.183 / R_factor R_work: 0.174

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.016
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.56

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.268

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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