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万見
- PDB-1pyp: X-RAY DIFFRACTION STUDY OF INORGANIC PYROPHOSPHATASE FROM BAKER,S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pyp
タイトルX-RAY DIFFRACTION STUDY OF INORGANIC PYROPHOSPHATASE FROM BAKER,S YEAST AT THE 3 ANGSTROMS RESOLUTION (RUSSIAN)
要素INORGANIC PYROPHOSPHATASE
キーワードACID ANHYDRIDE HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Cytosolic tRNA aminoacylation / Mitochondrial tRNA aminoacylation / Pyrophosphate hydrolysis / inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inorganic Pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase signature. / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase superfamily / Inorganic pyrophosphatase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Inorganic pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Harutyunyan, E.H. / Terzyan, S.S. / Vainshtein, B.K.
引用
ジャーナル: Dokl.Akad.Nauk Sssr / 年: 1981
タイトル: X-Ray Diffraction Study of Inorganic Pyrophosphatase from Baker,S Yeast at the 3 Angstroms Resolution (Russian)
著者: Arutiunian, E.G. / Terzian, S.S. / Voronova, A.A. / Kuranova, I.P. / Smirnova, E.A. / Vainstein, B.K. / Hohne, W.E. / Hansen, G.
#1: ジャーナル: Dokl.Biochem.(Engl.Transl.) / 年: 1981
タイトル: X-Ray Structural Investigation of Inorganic Pyrophosphatase from Baker,S Yeast at 3 Angstroms Resolution
著者: Arutyunyan, E.G. / Terzyan, S.S. / Voronova, A.A. / Kuranova, I.P. / Smirnova, E.A. / Vainshtein, B.K. / Hoehne, W.E. / Hansen, G.
#2: ジャーナル: Kristallografiya / 年: 1980
タイトル: X-Ray Structural Investigation of Inorganic Pyrophosphatase of Baker Yeast. II. Phase Calculation and Structure Model at 6 Angstroms Resolution (Russian)
著者: Makhaldiani, V.V. / Smirnova, E.A. / Voronova, A.A. / Tovbis, A.B. / Kuranova, I.P. / Haratyunyan, E.G. / Vainshtein, B.K. / Bienwald, B. / Hansen, G. / Hoehne, W.E.
#3: ジャーナル: Sov.Phys.Crystallogr.(Engl.Transl.) / 年: 1980
タイトル: X-Ray Structural Investigation of Inorganic Pyrophosphatase of Yeasts. II. Calculation of Phases and Structural Model at 6 Angstroms Resolution
著者: Makhaldianei, V.V. / Smirnova, E.A. / Voronova, A.A. / Tovbis, A.B. / Kuranova, I.P. / Arutyunyan, E.G. / Vainshtein, B.K. / Bienwald, B. / Hansen, G. / Hoehne, W.E.
#4: ジャーナル: Kristallografiya / 年: 1980
タイトル: X-Ray Structural Investigation of Inorganic Pyrophosphatase of Baker Yeast. I. Growing of Crystals, Production of Derivatives and Determination of the Heavy Atom Positions in Them (Russian)
著者: Smirnova, E.A. / Makhaldiani, V.V. / Voronova, A.A. / Kuranova, I.P. / Harutyunyan, E.G. / Vainshtein, B.K. / Heitmann, P. / Hoehne, W.E.
#5: ジャーナル: Sov.Phys.Crystallogr.(Engl.Transl.) / 年: 1980
タイトル: X-Ray Structural Investigation of Inorganic-Pyrophosphatase of Yeasts. I. Growth of Crystals, Formation of Derivatives, and Determination of the Positions of Their Heavy Atoms
著者: Smirnova, E.A. / Makhaldiani, V.V. / Voronova, A.A. / Kuranova, I.P. / Arutyunyan, E.G. / Vainshtein, B.K. / Heitmann, P. / Hoehne, W.E.
#6: ジャーナル: Dokl.Akad.Nauk Sssr / 年: 1978
タイトル: X-Ray Diffraction Study of Inorganic Pyrophosphatase from Baker,S Yeast at the 6 Angstroms Resolution (Russian)
著者: Makhaldiani, V.V. / Smirnova, E.A. / Voronova, A.A. / Kuranova, I.P. / Arutiunian, E.G. / Vainstein, B.K. / Hoehne, W.E. / Binwald, B. / Hansen, G.
#7: ジャーナル: Dokl.Biochem.(Engl.Transl.) / 年: 1978
タイトル: X-Ray Diffraction Study of Inorganic Pyrophosphatase from Baker,S Yeast at a Resolution of 6 Angstroms
著者: Makhaldiani, V.V. / Smirnova, E.A. / Voronova, A.A. / Kuranova, I.P. / Arutyunyan, E.G. / Vainshtein, B.K. / Hoehne, W. / Binwald, B. / Hansen, G.
#8: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1978
タイトル: Covalent Structural Analysis of Yeast Inorganic Pyrophosphatase
著者: Cohen, S.A. / Sterner, R. / Keim, P.S. / Heinrikson, R.L.
履歴
登録1983年2月3日処理サイト: BNL
改定 1.01983年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 700SHEET THE SIX-STRANDED BETA-SHEET *BAR* PRESENTED ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY A FIVE- ...SHEET THE SIX-STRANDED BETA-SHEET *BAR* PRESENTED ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY A FIVE-STRANDED BETA-BARREL. THIS IS DENOTED BY HAVING THE FIRST STRAND RECUR AS THE LAST. SHEET III IS A BIFURCATED SHEET. THE THIRD STRAND CONTAINS A BETA-TURN FROM RESIDUES 204-207. TO REPRESENT THIS, TWO SETS OF SHEET RECORDS (S3A, S3B) ARE PRESENTED BELOW, WHICH DIFFER ONLY IN THE THIRD STRAND.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INORGANIC PYROPHOSPHATASE
B: INORGANIC PYROPHOSPHATASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,1582
ポリマ－64,1582
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area25840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.230, 70.290, 95.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 99.59
Int Tables number4
Space group name H-MP1121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.965279, -0.156618, -0.209069), (-0.156618, -0.293543, 0.943029), (-0.209064, 0.943029, 0.258821)
ベクター: 60.39569, 92.63284, -59.36417)
詳細THE TRANSFORMATION PRESENTED ON THE *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD COORDINATES FOR THE OTHER MOLECULE IN THE ASYMMETRIC UNIT WHEN APPLIED TO THE COORDINATES IN THIS ENTRY.

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要素

#1: タンパク質 INORGANIC PYROPHOSPHATASE


分子量: 32079.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: P00817, inorganic diphosphatase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 %

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

精密化最高解像度: 3 Å
詳細: FOR PHASE DETERMINATION THREE ISOMORPHOUS HEAVY ATOM DERIVATIVES WERE USED. REFINEMENT OF THE PHASES WAS DONE USING MOLECULAR SYMMETRY.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4472 0 0 0 4472

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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