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- PDB-1pwt: THERMODYNAMIC ANALYSIS OF ALPHA-SPECTRIN SH3 AND TWO OF ITS CIRCU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pwt
タイトルTHERMODYNAMIC ANALYSIS OF ALPHA-SPECTRIN SH3 AND TWO OF ITS CIRCULAR PERMUTANTS WITH DIFFERENT LOOP LENGTHS: DISCERNING THE REASONS FOR RAPID FOLDING IN PROTEINS
要素ALPHA SPECTRIN
キーワードCIRCULAR PERMUTANT / SH3 DOMAIN / CYTOSKELETON
機能・相同性
機能・相同性情報


actin filament capping / costamere / cortical actin cytoskeleton / cell projection / actin filament binding / cell junction / actin cytoskeleton organization / calmodulin binding / calcium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Alpha Spectrin, SH3 domain / EF-hand, Ca insensitive / Ca2+ insensitive EF hand / Ca2+ insensitive EF hand / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / SH3 Domains / SH3 domain ...Alpha Spectrin, SH3 domain / EF-hand, Ca insensitive / Ca2+ insensitive EF hand / Ca2+ insensitive EF hand / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / SH3 Domains / SH3 domain / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spectrin alpha chain, non-erythrocytic 1
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Martinez, J.C. / Viguera, A.R. / Berisio, R. / Wilmanns, M. / Mateo, P.L. / Filmonov, V.V. / Serrano, L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Thermodynamic analysis of alpha-spectrin SH3 and two of its circular permutants with different loop lengths: discerning the reasons for rapid folding in proteins.
著者: Martinez, J.C. / Viguera, A.R. / Berisio, R. / Wilmanns, M. / Mateo, P.L. / Filimonov, V.V. / Serrano, L.
履歴
登録1998年10月6日処理サイト: BNL
改定 1.01999年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月4日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42023年8月9日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA SPECTRIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0421
ポリマ－7,0421
非ポリマー00
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.000, 42.400, 49.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ALPHA SPECTRIN / PWT


分子量: 7042.095 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 DOMAIN / 変異: MGTG INSTEAD OF MDETG AT THE N-TERMINUS / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 細胞内の位置: CYTOSKELETON / 器官: BRAIN / 参照: UniProt: P07751
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 4 / 詳細: pH 4
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
16 mg/mlprotein1drop
21.1 Mammonium sulfate1reservoir
390 mMsodium citrate/citric acid1reservoir
490 mMBis-Tris propane1reservoir
50.9 mMEDTA1reservoir
60.9 mMdithiothreitol1reservoir
70.9 mMsodium azide1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源タイプ: OTHER / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 180 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→15 Å / Num. obs: 7163 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 18.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 25.1
反射 シェル解像度: 1.77→1.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / % possible all: 96.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 43628
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SHG

1shg


解像度: 1.77→14.5 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE N-TERMINUS HAD PROBABLY AN ALTERNATIVE CONFORMATION, BUT THE DENSITY WAS NOT CLEAR ENOUGH FOR MODELLING.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 335 5 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.189 7159 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→14.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数504 0 0 88 592
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0110.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0290.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0280.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.2232
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.0942.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.5692.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.3752.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.020.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.0940.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1950.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2630.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.2170.5
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.75
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor1515
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor48.620
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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