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万見
- PDB-1pwf: One Sugar Pucker Fits All: Pairing Versatility Despite Conformati... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pwf
タイトルOne Sugar Pucker Fits All: Pairing Versatility Despite Conformational Uniformity in TNA
要素5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*(2MU)P*(FA2)P*CP*GP*C)-3'
キーワードDNA / A-DNA / Hydrogen Bonding / Nucleic Acid Etiology / Tetrose / Four Carbon Sugar / Nucleic Acid Analogue
機能・相同性SPERMINE / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.16 Å
データ登録者Pallan, P.S. / Wilds, C.J. / Wawrzak, Z. / Krishnamurthy, R. / Eschenmoser, A. / Egli, M.
引用ジャーナル: ANGEW.CHEM.INT.ED.ENGL. / 年: 2003
タイトル: Why does TNA cross-pair more strongly with RNA than with DNA? an answer from X-ray analysis.
著者: Pallan, P.S. / Wilds, C.J. / Wawrzak, Z. / Krishnamurthy, R. / Eschenmoser, A. / Egli, M.
履歴
登録2003年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Refinement description
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_polymer_linkage / software
Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52023年8月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*(2MU)P*(FA2)P*CP*GP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*(2MU)P*(FA2)P*CP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,3243
ポリマ－6,1222
非ポリマー2021
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)24.429, 44.522, 47.332
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*(2MU)P*(FA2)P*CP*GP*C)-3'


分子量: 3061.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized oligonucleotide
#2: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.35 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Sodium Cacodylate, Sodium Chloride, Barium Chloride, Spermine tetrahydrochloride, 2-methyl-2,4-pentanediol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Sodium Cacodylate11
2Sodium Chloride11
3Barium Chloride11
4Spermine tetrahydrochloride11
52-methyl-2,4-pentanediol11
6H2O11
7Sodium Cacodylate12
8Sodium Chloride12
9Barium Chloride12
10H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.16→30 Å / Num. obs: 18354 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.062
反射 シェル解像度: 1.16→1.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.297 / Num. unique all: 1704 / % possible all: 94.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DPL

1dpl


解像度: 1.16→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
立体化学のターゲット値: L. Clowney et al., Geometric Parameters in Nucleic Acids: Nitrogenous Bases, J. Am. Chem. Soc. (1996) 118, 509-518; A. Gelbin et al., Geometric Parameters in ...立体化学のターゲット値: L. Clowney et al., Geometric Parameters in Nucleic Acids: Nitrogenous Bases, J. Am. Chem. Soc. (1996) 118, 509-518; A. Gelbin et al., Geometric Parameters in Nucleic Acids: Sugar and Phosphate Constituents, J. Am. Chem. Soc. (1996) 118, 519-529; G. Parkinson et al., New Parameters for the Refinement of Nucleic Acid-Containing Structures, Acta Cryst. (1996) D52, 57-64.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.188 918 -RANDOM
Rwork0.133 ---
obs0.133 17371 100 %-
all-18289 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.16→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 622 14 109 745
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.026
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.034
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.086
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.04

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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