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- PDB-1pw4: Crystal Structure of the Glycerol-3-Phosphate Transporter from E.Coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pw4
タイトルCrystal Structure of the Glycerol-3-Phosphate Transporter from E.Coli
要素Glycerol-3-phosphate transporter
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Glycerol-3-Phosphate / Transmembrane / Inner membrane / Transporter / Major facilitator superfamily / Secondary active membrane transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerol-3-phosphate transmembrane transporter activity / organophosphate:phosphate antiporter activity / glycerol-phosphate:phosphate antiporter activity / glycerol-3-phosphate transmembrane transport / glucose-6-phosphate transport / glucose 6-phosphate:phosphate antiporter activity / glycerol transmembrane transport / glycerol metabolic process / phosphate ion transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sugar phosphate transporter / Glycerol-3-phosphate transporter / Glycerate/sugar phosphate transporter, conserved site / : / glpT family of transporters signature. / MFS general substrate transporter like domains / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Growth Hormone; Chain: A; / Major facilitator superfamily domain ...Sugar phosphate transporter / Glycerol-3-phosphate transporter / Glycerate/sugar phosphate transporter, conserved site / : / glpT family of transporters signature. / MFS general substrate transporter like domains / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Growth Hormone; Chain: A; / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycerol-3-phosphate transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Huang, Y. / Lemieux, M.J. / Song, J. / Auer, M. / Wang, D.N.
引用ジャーナル: Science / 年: 2003
タイトル: Structure and Mechanism of the Glycerol-3-Phosphate Transporter from Escherichia Coli
著者: Huang, Y. / Lemieux, M.J. / Song, J. / Auer, M. / Wang, D.N.
履歴
登録2003年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycerol-3-phosphate transporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2441
ポリマ－50,2441
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.640, 97.640, 175.151
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細Function as monomer, one molecule per asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Glycerol-3-phosphate transporter / G-3-P transporter / G-3-P permease


分子量: 50243.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: glpT / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LMG194
キーワード: T.C.2.A.1.4.3 from transporter protein database at UCSF
参照: UniProt: P08194

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7
詳細: 25% PEG2K MME, 20% Glycerol, 5% MPD, 0.1M Tris pH8.7, 1mM DTT, 5mM NaAc, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12 mg/mlprotein11
25 mMdithiothreitol11

-
データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X2510.9789, 1.214
シンクロトロンAPS 19-ID20.9791
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2003年2月19日
SBC-22CCD2002年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97891
21.2141
30.97911
反射解像度: 3→30 Å / Num. all: 14944 / Num. obs: 14870 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2.8 / Observed criterion σ(I): 2.8 / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 3.3→3.36 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.469 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 694 / Rsym value: 0.386 / % possible all: 93.2
反射
*PLUS
最高解像度: 3.3 Å / 最低解像度: 20 Å / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.2 % / Rmerge(I) obs: 0.386

-
解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.3→15 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3253 720 -
Rwork0.2965 --
all-14916 -
obs-14233 95.4 %
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.136 Å28.605 Å20 Å2
2--1.136 Å20 Å2
3----2.272 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3403 0 0 0 3403
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: protein_rep.param
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.0098
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg2.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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