PDB-1pvz: Solution Structure of BmP07, A Novel Potassium Channel Blocker fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1pvz

タイトル

Solution Structure of BmP07, A Novel Potassium Channel Blocker from Scorpion Buthus martensi Karsch, 15 structures

要素

K+ toxin-like peptide

キーワード

TOXIN / ALPHA/BETA scaffold

機能・相同性

Knottin, scorpion toxin-like superfamily / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Potassium channel toxin alpha-KTx 14.2

機能・相同性情報

生物種

Mesobuthus martensii (サソリ)

手法

溶液NMR / distance geometry

データ登録者

Wu, H. / Zhang, N. / Wang, Y. / Zhang, Q. / Ou, L. / Li, M. / Hu, G.

引用

ジャーナル: PROTEINS / 年: 2004
タイトル: Solution structure of BmKK2, a new potassium channel blocker from the venom of chinese scorpion Buthus martensi Karsch
著者: Zhang, N. / Li, M. / Chen, X. / Wang, Y. / Wu, G. / Hu, G. / Wu, H.

履歴

登録	2003年6月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年6月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation_author / pdbx_struct_assembly ...citation_author / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list Item: _citation_author.name
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1pvz.cif.gz	118.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1pvz.ent.gz	74 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1pvz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1pvz_validation.pdf.gz	340.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1pvz_full_validation.pdf.gz	397.2 KB	表示
XML形式データ	1pvz_validation.xml.gz	7.9 KB	表示
CIF形式データ	1pvz_validation.cif.gz	13.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/1pvz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/1pvz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1acw 1du9 1pnh 1scy
類似構造データ	6nk9-d 2izq-1 4bfh-d 2nx6-d 2mau-d 1qd8-2 2bbp-d 1n1u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

A: K+ toxin-like peptide

3.25 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	15 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	K+ toxin-like peptide / scorpion neurotoxin / BmP07 分子量: 3252.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mesobuthus martensii (サソリ) / 参照: UniProt: Q95NK7
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	DQF-COSY
1	2	1	2D NOESY
1	3	1	2D TOCSY
1	4	2	DQF-COSY
1	5	2	2D NOESY
1	6	2	2D TOCSY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	2.7mM BmP07; 90% H2O, 10% D2O	90% H2O/10% D2O
2	2.7mM BmP07; 100% D2O	100% D2O

試料状態

Conditions-ID	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	3	ambient	300 K
2	2.6	ambient	300 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1B	Mike Carlisle, Dan Steele, Mike Miller	collection
VNMR	6.1B	Mike Carlisle, Dan Steele, Mike Miller	解析
XEASY	1994	Tai-he Xia, Christian Bartel	データ解析
DYANA	1.5	Peter Guntert, Christian Mumenthaler, Torsten Herrmann	構造決定
Amber	5	Peter Kollman, Dave Case, Ken Merz, Thomas Cheatham, Carlos Simmerling, Vertex Pharmaceuticals	精密化

精密化

手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 277 constraints, 249 are NOE-derived distance constraints, 9 dihedral angle constraints, 19 distance constraints from five hydrogen bonds and three disulfide bonds.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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