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万見
- PDB-1pvj: Crystal structure of the Streptococcal pyrogenic exotoxin B (SpeB... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pvj
タイトルCrystal structure of the Streptococcal pyrogenic exotoxin B (SpeB)- inhibitor complex
要素pyrogenic exotoxin B
キーワードTOXIN / Streptococcus pyogenes exotoxin(SpeB) / Z-F-CH2N2- benzyloxycarbonyl phenylalanyl alanyl diazomethane.
機能・相同性
機能・相同性情報


streptopain / symbiont-mediated suppression of host autophagy / symbiont-induced defense-related programmed cell death / evasion of host immune response / host cell cytosol / cysteine-type peptidase activity / toxin activity / host extracellular space / cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Peptidase C10 family / Protein Binding, DinI Protein; Chain A / Spi protease inhibitor / Spi protease inhibitor / Peptidase C10, streptopain / Peptidase C10, streptopain superfmaily / Peptidase C10 family / Streptopain (SpeB) / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily ...Peptidase C10 family / Protein Binding, DinI Protein; Chain A / Spi protease inhibitor / Spi protease inhibitor / Peptidase C10, streptopain / Peptidase C10, streptopain superfmaily / Peptidase C10 family / Streptopain (SpeB) / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ZFB / Streptopain
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Ziomek, E. / Sivaraman, J. / Doran, J. / Menard, R. / Cygler, M.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Inhibition of autoprocessing of the streptococcal pyrogenic exotoxin B (speB). Crystal structure of the proenzyme-inhibitor complex
著者: Ziomek, E. / Sivaraman, J. / Doran, J. / Menard, R. / Cygler, M.
履歴
登録2003年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年5月9日Group: Other
改定 1.42017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Remark 600MISSING LIGAND ATOMS Atoms N2, N3 for ligand ZFB missing due to reaction with SG of CYS47, ...MISSING LIGAND ATOMS Atoms N2, N3 for ligand ZFB missing due to reaction with SG of CYS47, resulting in covalent bond formation between SG of CYS47 and C11 of ZFB
Remark 999PROREGION Residues 31-139 represent the proregion of this protease

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: pyrogenic exotoxin B
B: pyrogenic exotoxin B
C: pyrogenic exotoxin B
D: pyrogenic exotoxin B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,3838
ポリマ－160,0854
非ポリマー1,2974
水9,944552
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.769, 119.495, 144.083
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
pyrogenic exotoxin B


分子量: 40021.281 Da / 分子数: 4 / 断片: Streptococcal Pyrogenic Exotoxin B (SpeB) / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
株: B220 / 参照: UniProt: P0C0J0, streptopain
#2: 化合物
ChemComp-ZFB / (3R)-3-{[(BENZYLOXY)CARBONYL]AMINO}-2-OXO-4-PHENYLBUTANE-1-DIAZONIUM


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 324.354 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18N3O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 552 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: Ammonium Sulphate, Glycerol, Sodium citrate, PEG 8K, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月17日
放射モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 29796 / Num. obs: 29796 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.139
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rsym value: 0.367 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
Adxvdata processing
HKL-2000データ削減
AMoRE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→45 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.288 1613 RANDAM
Rwork0.227 --
all-29796 -
obs-23696 -
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10412 0 88 552 11052
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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