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- PDB-1pv7: Crystal structure of lactose permease with TDG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pv7
タイトルCrystal structure of lactose permease with TDG
要素Lactose permease
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Transport / Sugar transport / Symport / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


lactose:proton symporter activity / lactose transport / carbohydrate:proton symporter activity / lactose binding / carbohydrate transport / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
LacY/RafB permease family / LacY/RafB permease family, conserved site / LacY proton/sugar symporter / LacY family proton/sugar symporters signature 1. / LacY family proton/sugar symporters signature 2. / MFS general substrate transporter like domains / Growth Hormone; Chain: A; / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily ...LacY/RafB permease family / LacY/RafB permease family, conserved site / LacY proton/sugar symporter / LacY family proton/sugar symporters signature 1. / LacY family proton/sugar symporters signature 2. / MFS general substrate transporter like domains / Growth Hormone; Chain: A; / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
thiodigalactoside / Lactose permease
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Abramson, J. / Smirnova, I. / Kasho, V. / Verner, G. / Kaback, H.R. / Iwata, S.
引用ジャーナル: SCIENCE / 年: 2003
タイトル: Structure and mechanism of the lactose permease of Escherichia coli
著者: Abramson, J. / Smirnova, I. / Kasho, V. / Verner, G. / Kaback, H.R. / Iwata, S.
履歴
登録2003年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02020年8月12日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_branch_scheme / pdbx_molecule_features / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
改定 3.12021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 3.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lactose permease
B: Lactose permease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,6864
ポリマ－92,9702
非ポリマー7172
水00
1
A: Lactose permease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8432
ポリマ－46,4851
非ポリマー3581
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lactose permease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8432
ポリマ－46,4851
非ポリマー3581
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.351, 125.845, 188.118
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Lactose permease


分子量: 46484.797 Da / 分子数: 2 / 変異: C154G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / Cell (発現宿主): CHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P02920
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-1)-1-thio-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 358.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with S-glycosidic bond between monosaccharides, and with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: thiodigalactoside
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/1,2,1/[a2112h-1b_1-5]/1-1/a1-b1*S*WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp1SH]{[(1+S)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.45 Å3/Da
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
1100 mMHEPES1reservoirpH7.0
227-30 %PEG4001reservoir
3200 mM1reservoirCaCl2
43 %1,6-hexanediol1reservoir
50.8 mMCHAPS1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.915 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月17日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→40 Å / Num. all: 28638 / Num. obs: 25917 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -1
反射 シェル解像度: 3.6→3.7 Å / % possible all: 85.9
反射
*PLUS
Num. obs: 26017 / 冗長度: 2.6 % / Num. measured all: 67117 / Rmerge(I) obs: 0.128
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 85.6 % / Rmerge(I) obs: 0.443

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.6→4 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.296 1231 random
Rwork0.271 --
obs0.271 25917 -
all-25917 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6580 0 46 0 6626
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.1
精密化
*PLUS
最低解像度: 40 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.1
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 3.6 Å / 最低解像度: 3.7 Å / Rfactor Rfree: 0.373 / Rfactor Rwork: 0.353

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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