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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1puo | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Fel d 1- the major cat allergen | ||||||
要素 | Major allergen I polypeptide, fused chain 2, chain 1 | ||||||
キーワード | ALLERGEN (アレルゲン) / cat allergen / uteroglobin / secretoglobin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Felis catus (イエネコ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Kaiser, L. / Gronlund, H. / Sandalova, T. / Ljunggren, H.G. / van Hage-Hamsten, M. / Achour, A. / Schneider, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: The crystal structure of the major cat allergen Fel d 1, a member of the secretoglobin family. 著者: Kaiser, L. / Gronlund, H. / Sandalova, T. / Ljunggren, H.G. / van Hage-Hamsten, M. / Achour, A. / Schneider, G. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003 タイトル: Production, crystallization and preliminary crystallographic study of the major cat allergen Fel d 1. 著者: Kaiser, L. / Gronlund, H. / Sandalova, T. / Ljunggren, H.G. / Schneider, G. / Van Hage-Hamsten, M. / Achour, A. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE recombinant protein is fusion of mature chain 2 and chain 1 of Fel d 1 | ||||||
Remark 350 | GENERATING THE BIOMOLECULE THE BIOLOGICAL UNIT IS A DIMER. COORDINATES FOR A COMPLETE MULTIMER ...GENERATING THE BIOMOLECULE THE BIOLOGICAL UNIT IS A DIMER. COORDINATES FOR A COMPLETE MULTIMER REPRESENTING THE KNOWN BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE OF THE MOLECULE CAN NOT BE GENERATED BY APPLYING NEITHER NON-CRYSTALLOGRAPHIC NOR CRYSTALLOGRAPHIC OPERATIONS. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1puo.cif.gz | 69.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1puo.ent.gz | 55.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1puo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/1puo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/1puo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Refine code: 3
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詳細 | The biological molecule is heterotetramer. The recombinant molecule is covalently fused heterodimer. Recombinant Fel d 1 does not form dimers in the crystal. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19074.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Felis catus (イエネコ) / 遺伝子: CH2, CH1 / プラスミド: pET20b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLys S / 参照: UniProt: P30440, UniProt: P30438 #2: 化合物 | ChemComp-MPD / ( #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.61 % | ||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: MPD, sodium acetate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.85→24.5 Å / Num. obs: 25173 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 9.7 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 3511 / Rsym value: 0.46 / % possible all: 99.7 | ||||||||||||||||||
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 69889 / Num. measured all: 25113 / Rmerge(I) obs: 0.089 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.7 % / Rmerge(I) obs: 0.46 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→24.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 3.368 / SU ML: 0.103 / Data cutoff high absF: 0 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.598 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→24.04 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Rfactor Rfree: 0.239 / Rfactor Rwork: 0.203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.244 / Rfactor Rwork: 0.226 |