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万見
- PDB-1pul: Solution structure for the 21KDa caenorhabditis elegans protein C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pul
タイトルSolution structure for the 21KDa caenorhabditis elegans protein CE32E8.3. NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM TARGET WR33
要素Hypothetical protein C32E8.3 in chromosome I仮説
キーワードstructural genomics (構造ゲノミクス) / unknown function / ALPHA HELICAL (Αヘリックス) / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / PSI / Protein Structure Initiative / NESG
機能・相同性P25-alpha / p25-alpha / positive regulation of protein polymerization / EFハンド / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Tubulin polymerization-promoting protein homolog
機能・相同性情報
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Tejero, R. / Aramini, J.M. / Swapna, G.V.T. / Monleon, D. / Chiang, Y. / Macapagal, D. / Gunsalus, K.C. / Kim, S. / Szyperski, T. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2004
タイトル: Backbone 1H, 15N and 13C assignments for the 21 kDa Caenorhabditis elegans homologue of "brain-specific" protein.
著者: Monleon, D. / Chiang, Y. / Aramini, J.M. / Swapna, G.V. / Macapagal, D. / Gunsalus, K.C. / Kim, S. / Szyperski, T. / Montelione, G.T.
履歴
登録2003年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein C32E8.3 in chromosome I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7481
ポリマ－13,7481
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 56target function
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein C32E8.3 in chromosome I / 仮説


分子量: 13747.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: C32E8.3 / Plasmid details: derivative of pET15b / プラスミド: pET15b-WR33 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P91127

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-NOESY
1213D 13C-NOESY
1312D 15N,1H HSQC
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY. AUTOMATIC BACKBONE ASSIGNMENTS WERE MADE USING AUTOASSIGN. MANUAL SIDE CHAIN ASSIGNMENTS. AUTOMATIC NOESY ASSIGNMENTS AS ...Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY. AUTOMATIC BACKBONE ASSIGNMENTS WERE MADE USING AUTOASSIGN. MANUAL SIDE CHAIN ASSIGNMENTS. AUTOMATIC NOESY ASSIGNMENTS AS WELL AS DISTANCE AND HYDROGEN BOND CONSTRAINTS WERE DETERMINED USING AUTOSTRUCTURE. DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS WERE DETERMINED USING HYPER AND TALOS. FINAL STRUCTURE QUALITY FACTORS FOR THE ENSEMBLE (RESIDUES 18 to 120), WHERE ORDERED RESIDUES [S(PHI) + S(PSI) > 1.8] COMPRISE 19-33,42-56,61-62,64-74,77-79,83-119: (A) RMSD FOR ORDERED RESIDUES: BB, 1.2; HEAVY ATOM, 1.7 (B) RAMACHANDRAN STATISTICS FOR ORDERED RESIDUES: MOST FAVORED: 93.0%; ADDITIONALLY ALLOWED: 5.7%; GENEROUSLY ALLOWED, 0.8%; DISALLOWED, 0.5% (C) PROCHECK SCORES FOR ORDERED RESIDUES (RAW/Z-): BB, 0.20/1.10; ALL, -0.02/-0.12. (D) MAGE MOLPROBITY CLASH SCORE (RAW/Z-): 33.54/-4.23. (E) RPF SCORES FOR GOODNESS OF FIT TO NOESY DATA: F-MEASURE, 0.834; RECALL, 0.900; PRECISION, 0.776; DP-SCORE, 0.606.

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試料調製

詳細内容: 1mM WR33 U-15N,13C; 20mM NaH2PO4, 50mM NaCl, 10mM DTT, 0.02% azide
溶媒系: 95% H20, 5% D2O, PH 6.5
試料状態イオン強度: 50 mM NaCl / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA5002
Varian INOVAVarianINOVA7503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1Bcollection
NMRPipe2.1解析
Sparky3.106データ解析
AutoAssign1.11.0データ解析
TALOS2.1データ解析
DYANA1.5Guntert精密化
AutoStructure2.1.0Huang, Montelione精密化
CNS1.1Brunger精密化
PSVS1Bhattacharya, Montelioneデータ解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL 729 CONFORMATIONALLY-RESTRICTING NOE-DERIVED DISTANCE CONSTRAINTS, 260 DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS, AND 50 HYDROGEN BOND CONSTRAINTS (9.3 CONSTRAINTS PER ...詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL 729 CONFORMATIONALLY-RESTRICTING NOE-DERIVED DISTANCE CONSTRAINTS, 260 DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS, AND 50 HYDROGEN BOND CONSTRAINTS (9.3 CONSTRAINTS PER RESIDUE; 1.2 LONG-RANGE CONSTRAINTS PER RESIDUE). STRUCTURE DETERMINATION WAS PERFORMED ITERATIVELY USING AUTOSTRUCTURE (DYANA). THE 10 STRUCTURES WITH THE LOWEST TARGET FUNCTION WERE FURTHER REFINED BY RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS/ENERGY MINIMIZATION IN EXPLICIT WATER (CNS). THE UNSTRUCTURED N- (1 to 17) AND C- (121 to 125) TERMINAL REGIONS OF THE MOLECULE ARE OMITTED FROM THIS DEPOSITION.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 56 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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