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- PDB-1puf: Crystal Structure of HoxA9 and Pbx1 homeodomains bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1puf
タイトルCrystal Structure of HoxA9 and Pbx1 homeodomains bound to DNA
要素
  • 5'-D(*AP*CP*TP*CP*TP*AP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'
  • 5'-D(*TP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*GP*AP*G)-3'
  • Homeobox protein Hox-A9
  • Pre-B-cell leukemia transcription factor-1
キーワードTranscription/DNA / Homeodomian / Protein-DNA complex / Hox Hexapeptide / TALE homeodomain / Homeodomain interaction / Transcription-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


urogenital system development / natural killer cell differentiation / negative regulation of myeloid cell differentiation / proximal/distal pattern formation / embryonic skeletal system development / sex differentiation / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / eye development / steroid biosynthetic process / mammary gland development ...urogenital system development / natural killer cell differentiation / negative regulation of myeloid cell differentiation / proximal/distal pattern formation / embryonic skeletal system development / sex differentiation / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / eye development / steroid biosynthetic process / mammary gland development / definitive hemopoiesis / embryonic forelimb morphogenesis / embryonic limb morphogenesis / endothelial cell activation / anterior/posterior pattern specification / embryonic hemopoiesis / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / adrenal gland development / branching involved in ureteric bud morphogenesis / positive regulation of stem cell proliferation / uterus development / regulation of ossification / single fertilization / negative regulation of neuron differentiation / embryonic organ development / neuron development / spleen development / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / thymus development / transcription coregulator binding / animal organ morphogenesis / transcription corepressor binding / stem cell proliferation / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / brain development / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / RNA polymerase II transcription regulator complex / male gonad development / G2/M transition of mitotic cell cycle / sequence-specific double-stranded DNA binding / regulation of gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / spermatogenesis / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / chromatin / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hox9, N-terminal activation domain / Homeobox protein HXA9/HXB9/HXC9 / : / Hox9 activation region / PBX, PBC domain / PBC domain / PBC domain profile. / : / Homeobox KN domain / Homeobox KN domain ...Hox9, N-terminal activation domain / Homeobox protein HXA9/HXB9/HXC9 / : / Hox9 activation region / PBX, PBC domain / PBC domain / PBC domain profile. / : / Homeobox KN domain / Homeobox KN domain / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Homeobox protein Hox-A9 / Pre-B-cell leukemia transcription factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Laronde-Leblanc, N.A. / Wolberger, C.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2003
タイトル: STRUCTURE OF HOXA9 AND PBX1 BOUND TO DNA: HOX HEXAPEPTIDE AND DNA RECOGNITION ANTERIOR TO POSTERIOR
著者: LARONDE-LEBLANC, N.A. / Wolberger, C.
履歴
登録2003年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: 5'-D(*AP*CP*TP*CP*TP*AP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'
E: 5'-D(*TP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*GP*AP*G)-3'
A: Homeobox protein Hox-A9
B: Pre-B-cell leukemia transcription factor-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6604
ポリマ－30,6604
非ポリマー00
水4,450247
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.769, 114.853, 108.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*CP*TP*CP*TP*AP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'


分子量: 6083.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*GP*AP*G)-3'


分子量: 6182.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 Homeobox protein Hox-A9 / Hox-1.7


分子量: 9646.336 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 193-269 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Homeodomain / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: HOXA9 / プラスミド: pET28a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) Codon + -RIL / 参照: UniProt: P09631
#4: タンパク質 Pre-B-cell leukemia transcription factor-1 / Homeobox protein PBX1 / Homeobox protein PRL


分子量: 8747.872 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 233-305 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Homeodomain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PBX1 / プラスミド: pET11d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: P40424
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.45 %
結晶化温度: 292 K / pH: 7.5
詳細: PEG 4000, hepes, cobaltic hexamine, dithiothrietol, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K, pH 7.50
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2hepes11
3cobaltic hexamine11
4dithiothrietol11
5EDTA11
6H2O11
7PEG 400012
8hepes12
9cobaltic hexamine12
10EDTA12
11dithiothrietol12
12H2O12
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mMHEPES1droppH7.5
21 mMdithiothreitol1drop
31 mMEDTA1drop
411 %PEG10001reservoir
5100 mMTris1reservoirpH8.0
64 mMcobalt hexamine1reservoir
71
81
91
101
111
121

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9116
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月27日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9116 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 28839 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 31.6 Å2 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 1.9→20 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Rsym value: 0.26 / % possible all: 94.1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.065
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.1 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 4.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1B72

1b72


解像度: 1.9→19.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1537852.39 / Data cutoff high rms absF: 1537852.39 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 2873 10 %RANDOM IN CNS
Rwork0.233 ---
obs0.233 28839 95.6 %-
all-30169 --
原子変位パラメータBiso mean: 48.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.44 Å20 Å20 Å2
2---8.53 Å20 Å2
3---10.98 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1268 814 0 247 2329
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.43
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.37
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.541.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.482
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.972
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.982.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 456 9.9 %
Rwork0.322 4155 -
obs--93.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION_REP.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 9.5 % / Rfactor Rfree: 0.269 / Rfactor Rwork: 0.234
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg18.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.37

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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