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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pud | ||||||
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タイトル | TRNA-GUANINE TRANSGLYCOSYLASE | ||||||
![]() | TRNA-GUANINE TRANSGLYCOSYLASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / TRNA-MODIFYING ENZYME / GLYCOSYLTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase / tRNA wobble guanine modification / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / tRNA-guanine transglycosylation / queuosine biosynthetic process / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Romier, C. / Reuter, K. / Suck, D. / Ficner, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of tRNA-guanine transglycosylase: RNA modification by base exchange. 著者: Romier, C. / Reuter, K. / Suck, D. / Ficner, R. #1: ![]() タイトル: Purification, Crystallization, and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of tRNA-Guanine Transglycosylase from Zymomonas Mobilis 著者: Romier, C. / Ficner, R. / Reuter, K. / Suck, D. #2: ![]() タイトル: Sequence Analysis and Overexpression of the Zymomonas Mobilis Tgt Gene Encoding tRNA-Guanine Transglycosylase: Purification and Biochemical Characterization of the Enzyme 著者: Reuter, K. / Ficner, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 89.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 67.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 364.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 371.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42925.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P28720, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Romier, C., (1996) Proteins: Struct.,Funct., Genet., 24, 516. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 33727 / % possible obs: 93.2 % / Rmerge(I) obs: 0.029 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.85 Å / Num. measured all: 82096 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.85→8 Å / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |