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万見
- PDB-1puc: P13SUC1 IN A STRAND-EXCHANGED DIMER -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1puc
タイトルP13SUC1 IN A STRAND-EXCHANGED DIMER
要素P13SUC1
キーワードBINDING PROTEIN / CELL CYCLE / DOMAIN SWAPPING / STRAND-EXCHANGED DIMER
機能・相同性
機能・相同性情報


signaling / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / SCF ubiquitin ligase complex / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / regulation of mitotic cell cycle / ubiquitin binding / histone binding / cell cycle / cell division / protein-containing complex binding ...signaling / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / SCF ubiquitin ligase complex / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / regulation of mitotic cell cycle / ubiquitin binding / histone binding / cell cycle / cell division / protein-containing complex binding / protein kinase binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cyclin-Dependent Kinase Subunit Type 2 / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit superfamily / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 1. / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 2. / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-dependent kinases regulatory subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Khazanovich, N. / Bateman, K.S. / Chernaia, M. / Michalak, M. / James, M.N.G.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of the yeast cell-cycle control protein, p13suc1, in a strand-exchanged dimer.
著者: Khazanovich, N. / Bateman, K. / Chernaia, M. / Michalak, M. / James, M.
履歴
登録1995年12月8日処理サイト: BNL
改定 1.01996年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET EACH MOLECULE OF P13SUC1 IN THIS CRYSTAL PARTICIPATES IN A STRAND-EXCHANGED DIMER WITH A ...SHEET EACH MOLECULE OF P13SUC1 IN THIS CRYSTAL PARTICIPATES IN A STRAND-EXCHANGED DIMER WITH A SYMMETRY-RELATED MOLECULE. A SINGLE BETA-STRAND, ILE 94 - ASP 102, IS EXCHANGED BETWEEN THE CENTRAL BETA-SHEETS OF EACH MOLECULE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P13SUC1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1872
ポリマ－12,5721
非ポリマー6151
水1,29772
1
A: P13SUC1
ヘテロ分子

A: P13SUC1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3744
ポリマ－25,1452
非ポリマー1,2302
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area4460 Å2
ΔGint-30.6 kcal/mol
Surface area14010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.270, 55.280, 111.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 P13SUC1 / P13


分子量: 12572.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
細胞株: BL21 / プラスミド: BL21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P08463
#2: 化合物 ChemComp-CPS / 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / CHAPS


分子量: 614.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H58N2O7S / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.71 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
112 mg/mlrecombinant p13suc11drop
238 mM1dropLiCl
338 mMTris-HCl1drop
49 %(w/v)PEG MME 20001drop
50.4 %(w/v)CHAPS1drop
625 %(w/v)PEG MME 20001reservoir
70.1 M1reservoirLiCl
80.1 MTris-HCl1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年9月28日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→55.9 Å / Num. obs: 9859 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.0488
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 53600 / Rmerge(I) obs: 0.0488
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.95 Å / 最低解像度: 1.98 Å / % possible obs: 81.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SDMSデータ収集
X-PLOR3.1モデル構築
TNT精密化
X-PLOR3.1精密化
SDMSデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 1.95→6 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 -10 %
obs0.187 8500 97.4 %
原子変位パラメータBiso mean: 24 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数851 0 26 72 949
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.422
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg24.472
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_angle_deg1.192
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.017

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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