PDB-1pu6: Crystal structure of H.pylori 3-methyladenine DNA glycosylase (MagIII)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1pu6

タイトル

Crystal structure of H.pylori 3-methyladenine DNA glycosylase (MagIII)

要素

3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE

キーワード

HYDROLASE / Helix-hairpin-helix / 3-Methyladenine / BASE EXCISION REPAIR / GLYCOSYLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

base-excision repair / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / endonuclease activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Eichman, B.F. / O'Rourke, E.J. / Radicella, J.P. / Ellenberger, T.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Crystal structures of 3-methyladenine DNA glycosylase MagIII and the recognition of alkylated bases
著者: Eichman, B.F. / O'Rourke, E.J. / Radicella, J.P. / Ellenberger, T.

履歴

登録	2003年6月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年10月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

SEQUENCE THE DIFFERENCES BETWEEN THE SEQUENCES IN THE PDB ENTRY 1PU6 AND IN THE DATABASE REFERENCE ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1pu6.cif.gz	191.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1pu6.ent.gz	154.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1pu6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1pu6_validation.pdf.gz	462.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1pu6_full_validation.pdf.gz	465.2 KB	表示
XML形式データ	1pu6_validation.xml.gz	23.1 KB	表示
CIF形式データ	1pu6_validation.cif.gz	31.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/1pu6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/1pu6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1pu7C 1pu8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2fd3-d 2trx-3 5hr3-d 5trf-6 3r0h-7 6ci2-d 5qng-2 5ql7-1 5qkn-1 5qm6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE

B: 3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE

ヘテロ分子

50.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	146.605, 44.399, 81.516
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.40, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE 分子量: 25218.064 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 13-5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O25323
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL 分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.24 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 4000, HEPES, MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

結晶化

*PLUS

温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID
1	4 mg/ml	protein	1	drop
2	2 %	MPD	1	reservoir

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	110	1
2	110	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	CHESS	A1	1	0.945
シンクロトロン	NSLS	X12C	2	1.0000, 0.9686, 1.0083

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 210	1	CCD	2002年1月11日
CUSTOM-MADE	2	CCD	2002年7月19日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
2	MAD	M	x-ray	1
1		M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.945	1
2	1	1
3	0.9686	1
4	1.0083	1

反射

解像度: 1.64→50 Å / Num. all: 60643 / Num. obs: 60643 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.1 % / B_iso Wilson estimate: 19.5 Å² / R_sym value: 0.099 / Net I/σ(I): 21.8

反射シェル

解像度: 1.64→1.71 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / R_sym value: 0.337 / % possible all: 99.7

反射

*PLUS

最低解像度: 25 Å / R_merge(I) obs: 0.099

反射シェル

*PLUS

% possible obs: 99.7 % / Num. unique obs: 6066 / R_merge(I) obs: 0.337

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.64→24.41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 1.326 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.079
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: ANISOU PARAMETERS WERE DERIVED FROM REFINED TLS PARAMETERS (5 TLS GROUPS) AND HELD FIXED DURING REFINEMENT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18517	3124	5.2 %	RANDOM
R_work	0.15126	-	-	-
obs	0.15301	57518	99.94 %	-
all	-	57518	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.947 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.2 Å²	0 Å²	-0.32 Å²
2-	-	0.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→24.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3474	0	1	254	3729

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.022	3557
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.602	1.968	4799
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.932	5	432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.16	0.2	537
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2622
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	1515
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	132
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.163	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.14	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.943	1.5	2155
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.065	2	3439
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.799	3	1402
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.847	4.5	1360
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.638→1.681 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.194	150
R_work	0.143	2809

精密化

*PLUS

最低解像度: 25 Å / % reflection R_free: 5 % / R_factor R_free: 0.185 / R_factor R_work: 0.151

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.021
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.602

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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