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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pu5 | ||||||
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タイトル | GM2-activator Protein crystal structure | ||||||
要素 | Ganglioside GM2 activator | ||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / Beta cup / large lipid binding pocket / protein dynamics | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sphingolipid activator protein activity / beta-N-acetylgalactosaminidase activity / glycosphingolipid catabolic process / maintenance of location in cell / lipid transporter activity / lipid storage / Glycosphingolipid catabolism / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / lipid transport ...sphingolipid activator protein activity / beta-N-acetylgalactosaminidase activity / glycosphingolipid catabolic process / maintenance of location in cell / lipid transporter activity / lipid storage / Glycosphingolipid catabolism / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / lipid transport / phospholipase activator activity / neuromuscular process controlling balance / lysosomal lumen / cytoplasmic side of plasma membrane / azurophil granule lumen / basolateral plasma membrane / learning or memory / apical plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Wright, C.S. / Zhao, Q. / Rastinejad, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: Structural analysis of lipid complexes of GM2-activator protein. 著者: Wright, C.S. / Zhao, Q. / Rastinejad, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1pu5.cif.gz | 113.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1pu5.ent.gz | 88.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1pu5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1pu5_validation.pdf.gz | 455 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1pu5_full_validation.pdf.gz | 463.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1pu5_validation.xml.gz | 25 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1pu5_validation.cif.gz | 36.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/1pu5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/1pu5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17827.557 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GM2A / プラスミド: pET16b (Novagen) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P17900 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.83 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7 詳細: Peg 4000, iso-propanol, Hepes buffer, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 123 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 0.979 Å |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 51764 / Num. obs: 50312 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 22.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 5 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.515 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1G13 解像度: 1.9→7.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2018589.88 / Data cutoff high rms absF: 2018589.88 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 92.897 Å2 / ksol: 0.512718 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→7.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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