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- PDB-1pts: CRYSTAL STRUCTURE AND LIGAND BINDING STUDIES OF A SCREENED PEPTID... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pts
タイトルCRYSTAL STRUCTURE AND LIGAND BINDING STUDIES OF A SCREENED PEPTIDE COMPLEXED WITH STREPTAVIDIN
要素
  • PEPTIDE (FSHPQNT)
  • STREPTAVIDIN
キーワードBIOTIN-BINDING PROTEIN/PEPTIDE / GLYCOPROTEIN / BIOTIN-BINDING PROTEIN-PEPTIDE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin ...Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces avidinii (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Weber, P.C. / Pantoliano, M.W. / Thompson, L.D.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: Crystal structure and ligand-binding studies of a screened peptide complexed with streptavidin.
著者: Weber, P.C. / Pantoliano, M.W. / Thompson, L.D.
#1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1992
タイトル: Crystallographic and Thermodynamic Comparison of Natural and Synthetic Ligands Bound to Streptavidin
著者: Weber, P.C. / Wendoloski, J.J. / Pantoliano, M.W. / Salemme, F.R.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1989
タイトル: Structural Origins of High-Affinity Biotin Binding to Streptavidin
著者: Weber, P.C. / Ohlendorf, D.H. / Wendoloski, J.J. / Salemme, F.R.
履歴
登録1992年7月23日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Other / Structure summary / カテゴリ: audit_author / pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.52019年8月14日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.62024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STREPTAVIDIN
B: STREPTAVIDIN
P: PEPTIDE (FSHPQNT)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3083
ポリマ－26,3083
非ポリマー00
水4,342241
1
A: STREPTAVIDIN
B: STREPTAVIDIN
P: PEPTIDE (FSHPQNT)

A: STREPTAVIDIN
B: STREPTAVIDIN
P: PEPTIDE (FSHPQNT)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6176
ポリマ－52,6176
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
2
A: STREPTAVIDIN
B: STREPTAVIDIN
P: PEPTIDE (FSHPQNT)

A: STREPTAVIDIN
B: STREPTAVIDIN
P: PEPTIDE (FSHPQNT)

A: STREPTAVIDIN
B: STREPTAVIDIN
P: PEPTIDE (FSHPQNT)

A: STREPTAVIDIN
B: STREPTAVIDIN
P: PEPTIDE (FSHPQNT)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,23312
ポリマ－105,23312
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)95.200, 106.500, 47.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 STREPTAVIDIN


分子量: 12738.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア)
参照: UniProt: P22629
#2: タンパク質・ペプチド PEPTIDE (FSHPQNT) / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 830.864 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.1 %
結晶化
*PLUS
手法: unknown

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Num. obs: 15804 / Rmerge(I) obs: 0.069

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
PROFFT精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.179 / Rfactor obs: 0.179 / 最高解像度: 2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1733 0 0 241 1974
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.025
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 15592 / Rfactor obs: 0.179 / Rfactor Rwork: 0.179
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 0.039

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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