ソフトウェア 名称 バージョン 分類 REFMAC5.1.19精密化 DENZOデータ削減 SCALEPACKデータスケーリング AMoRE位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : PDB ENTRY 1oyg解像度 : 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.938 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.904 / SU B : 4.817 / SU ML : 0.13 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.257 / ESU R Free : 0.196 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.23191 1275 5.1 % RANDOM Rwork 0.18876 - - - all 0.19098 23912 - - obs 0.1909 23912 98.37 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.4 Å / 溶媒モデル : BABINET MODEL WITH MASK原子変位パラメータ Biso mean : 19.211 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -0.2 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 0.29 Å2 0 Å2 3- - - -0.08 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.1→30 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 3438 0 24 225 3687
拘束条件 大きな表を表示 (5 x 19) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.007 0.021 3537 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.002 0.02 2994 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.119 1.941 4795 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg0.75 3 7021 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg6.634 5 439 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.07 0.2 524 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.003 0.02 3978 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.002 0.02 705 X-RAY DIFFRACTION r_nbd_refined0.187 0.2 653 X-RAY DIFFRACTION r_nbd_other0.234 0.2 3449 X-RAY DIFFRACTION r_nbtor_other0.081 0.2 1846 X-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_refined0.136 0.2 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_refined0.259 0.2 15 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_other0.257 0.2 36 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_refined0.144 0.2 12 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it0.212 1.5 2178 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it0.359 2 3504 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it0.67 3 1359 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it1.004 4.5 1291
LS精密化 シェル 解像度 : 2.1→2.213 Å / Total num. of bins used : 10 / Rfactor 反射数 Rfree 0.22 170 Rwork 0.173 3387
精密化 *PLUS
最高解像度 : 2.1 Å / 最低解像度 : 20 Å / % reflection Rfree : 5 % / Rfactor Rfree : 0.232 / Rfactor Rwork : 0.189 溶媒の処理 *PLUS
原子変位パラメータ *PLUS
拘束条件 *PLUS
Refine-ID タイプ Dev ideal X-RAY DIFFRACTION r_bond_d0.007 X-RAY DIFFRACTION r_angle_dX-RAY DIFFRACTION r_angle_deg1.1
LS精密化 シェル *PLUS
最高解像度 : 2.1 Å / 最低解像度 : 2.21 Å