PDB-1pt1: Unprocessed Pyruvoyl Dependent Aspartate Decarboxylase with Histi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1pt1

タイトル

Unprocessed Pyruvoyl Dependent Aspartate Decarboxylase with Histidine 11 Mutated to Alanine

要素

Aspartate 1-decarboxylase

キーワード

LYASE / Decarboxylase / Pantothenate pathway / Protein self-processing

機能・相同性

機能・相同性情報

alanine biosynthetic process / aspartate 1-decarboxylase / aspartate 1-decarboxylase activity / pantothenate biosynthetic process / protein autoprocessing / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Schmitzberger, F. / Kilkenny, M.L. / Lobley, C.M.C. / Webb, M.E. / Vinkovic, M. / Matak-Vinkovic, D. / Witty, M. / Chirgadze, D.Y. / Smith, A.G. / Abell, C. / Blundell, T.L.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Structural constraints on protein self-processing in L-aspartate-alpha-decarboxylase
著者: Schmitzberger, F. / Kilkenny, M.L. / Lobley, C.M.C. / Webb, M.E. / Vinkovic, M. / Matak-Vinkovic, D. / Witty, M. / Chirgadze, D.Y. / Smith, A.G. / Abell, C. / Blundell, T.L.

履歴

登録	2003年6月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月27日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月16日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1pt1.cif.gz	110.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1pt1.ent.gz	86.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1pt1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1pt1_validation.pdf.gz	458.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1pt1_full_validation.pdf.gz	460.2 KB	表示
XML形式データ	1pt1_validation.xml.gz	13.8 KB	表示
CIF形式データ	1pt1_validation.cif.gz	19.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/1pt1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/1pt1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1ppyC 1pqeC 1pqfC 1pqhC 1pt0C 1pyqC 1pyuC 1aw8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2c45-2 1pyq-1 4azd-1 1ppy-1 6p02-2 6p02-3 6oz8-2 6oyy-1 6oz8-1 6p02-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aspartate 1-decarboxylase

B: Aspartate 1-decarboxylase

ヘテロ分子

31.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aspartate 1-decarboxylase

B: Aspartate 1-decarboxylase

ヘテロ分子

A: Aspartate 1-decarboxylase

B: Aspartate 1-decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.952, 70.952, 217.081
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-395- HOH

詳細

The biological unit is a tetramer generated by the two fold axis, x,x-y,1/6-z

#1: タンパク質	Aspartate 1-decarboxylase / Aspartate alpha-decarboxylase 分子量: 15712.832 Da / 分子数: 2 / 変異: H11A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: PAND / プラスミド: pRSETa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: P0A790, aspartate 1-decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.6 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 1.4-1.6M Ammonium Sulphate, 0.1M Citric Acid, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

結晶化

*PLUS

温度: 19 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	5-9 mg/ml	protein	1	drop
2	1.4-1.6 M	ammonium sulfate	1	reservoir
3	0.1 M	citric acid	1	reservoir	pH4.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月14日
放射	モノクロメーター: slit / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→25 Å / Num. all: 26557 / Num. obs: 26521 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 33.5 % / B_iso Wilson estimate: 16.1 Å² / R_sym value: 0.087 / Net I/σ(I): 31.23
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / Mean I/σ(I) obs: 9.79 / R_sym value: 0.26 / % possible all: 100
反射	PLUS 最低解像度: 25 Å / Num. obs: 26557 / % possible obs: 100 % / R_merge(I) obs*: 0.087
反射シェル	PLUS % possible obs: 100 % / R_merge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs*: 9.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1aw8

1aw8

解像度: 1.9→23.44 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 1.945 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.16963	1928	7.3 %	RANDOM
R_work	0.14847	-	-	-
all	0.15005	26557	-	-
obs	0.15005	24507	99.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 7.41 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.03 Å²	-0.01 Å²	0 Å²
2-	-	-0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.04 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error free: 0.096 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→23.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1774	0	20	237	2031

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	1836
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	1647
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.35	1.932	2487
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.77	3	3813
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.659	5	230
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	283
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2055
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	374
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	351
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.263	0.2	2001
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	158
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.19	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.365	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.225	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.651	1.5	1149
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.221	2	1841
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.719	3	687
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.572	4.5	646

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.201	132
R_work	0.169	1729

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8086	1.2892	2.444	2.3471	2.2679	4.011	-0.1419	-0.02	0.181	-0.1386	0.0541	0.0878	-0.2084	0.1402	0.0878	0.0549	0.003	0.0198	0.0571	0.0104	0.0416	54.29	44.4666	26.4894
2	22.1936	-11.8969	1.1452	7.9919	-2.1005	4.0396	-0.1311	-1.2096	0.3058	0.4581	0.23	-0.6013	0.1127	0.6464	-0.0989	0.173	0.0036	-0.0874	0.2849	-0.0331	0.1621	68.6905	36.9371	37.8509
3	2.3569	0.6055	-2.8798	3.6295	5.5235	-5.1561	-0.1077	-0.1358	0.1698	0.4994	0.1061	-0.1408	0.0849	-0.1684	0.0016	0.0599	0.0235	-0.0117	0.1402	-0.0132	0.0446	56.1756	42.961	38.2438
4	7.218	0.973	6.8063	5.6667	1.4847	13.5711	0.102	-0.4807	-0.0852	0.2924	-0.0034	0.1396	0.171	-0.4315	-0.0986	0.0666	-0.0021	-0.0006	0.0887	-0.0349	0.0569	49.5449	44.2965	37.2035
5	1.2319	0.2628	0.3171	2.1374	0.8029	0.9417	-0.0494	-0.1443	-0.0253	0.1005	-0.0137	0.0118	0.0472	0.0139	0.0631	0.048	0.0222	-0.023	0.0794	-0.0184	0.0518	58.0585	42.4996	32.2822
6	29.6108	-23.6225	-2.8546	14.2538	0.8669	6.9794	0.233	0.407	0.1775	-0.0736	-0.0477	-0.3417	0.2914	0.3281	-0.1853	0.0597	-0.0093	-0.0244	0.1189	-0.0491	0.0844	63.053	43.2645	36.5439
7	14.4028	12.0307	-9.2717	25.8477	-9.687	11.901	-0.3162	0.0571	0.084	0.0145	0.2893	-0.2455	0.2764	0.0251	0.027	0.0865	0.0274	-0.0283	0.0952	-0.0308	0.0743	70.9471	39.8494	32.069
8	1.0859	1.4818	1.9295	1.3028	1.8671	3.1053	-0.0541	-0.1637	0.2182	-0.086	-0.1451	0.1859	-0.1904	-0.3184	0.1993	0.0844	0.0178	-0.0202	0.1071	-0.0259	0.1031	50.8878	46.6499	26.6275
9	2.7314	3.2355	-0.0108	9.2204	-1.1006	2.1182	-0.1193	0.0906	0.1142	-0.3882	0.0747	-0.1737	-0.1048	0.018	0.0446	0.0237	0.0319	0.0088	0.0547	-0.0086	0.0384	56.1033	41.9654	6.6385
10	26.1217	20.5358	13.9092	22.2814	22.6385	22.7978	0.7922	-2.4524	1.6221	0.5653	-1.5709	1.0001	-0.7242	-1.4954	0.7787	0.4398	-0.0035	-0.0366	0.2661	-0.0863	0.3019	57.2399	56.4638	19.7171
11	12.5302	1.4842	14.3563	-0.3923	-6.9527	17.9873	0.0104	-0.0729	0.4702	-0.1279	-0.0995	0.1225	-0.1107	-0.2815	0.0892	0.1813	0.0153	-0.0068	0.0279	0.0074	0.1173	51.2151	52.633	8.6376
12	1.4565	-1.542	-0.7346	12.1414	0.733	3.714	-0.0873	0.1015	0.3468	-0.2674	-0.0311	0.4761	-0.4332	-0.2054	0.1185	0.1592	0.0261	-0.0479	0.0515	0.0312	0.1124	47.2948	49.2531	4.1977
13	3.2195	0.8732	-0.5521	1.5212	0.0103	1.5253	-0.0295	0.0021	0.3672	-0.1517	0.0407	0.0934	-0.2462	-0.0561	-0.0112	0.1276	0.0011	-0.0217	0.0371	-0.0025	0.0829	55.3169	48.1888	10.29
14	20.0919	3.1476	18.7009	7.3901	-6.6113	59.1793	-0.0188	-0.3555	-0.1183	0.4949	0.0991	-0.1836	-0.1952	0.3782	-0.0802	0.1468	-0.0059	0.0008	0.0539	0.0318	0.1657	57.4081	54.1535	11.7912
15	8.4198	-5.9334	-11.9602	2.9507	8.5842	21.9738	-0.1608	0.1022	-0.0919	0.1293	0.0379	0.0552	0.1286	-0.0436	0.1229	0.1778	-0.0268	-0.0156	0.0619	-0.004	0.1061	63.9321	52.4592	17.7208
16	2.5399	2.4994	0.3043	5.4439	0.3227	1.4254	-0.1584	0.3153	0.1609	-0.5523	0.1515	0.1354	-0.1568	0.0055	0.007	0.1128	0.017	-0.0009	0.0819	0.0092	0.0815	53.8873	40.3598	2.6915

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 19	18 - 36
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	20 - 26	37 - 43
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	27 - 29	44 - 46
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	30 - 36	47 - 53
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	37 - 68	54 - 85
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	69 - 72	86 - 89
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	73 - 77	90 - 94
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	78 - 115	95 - 132
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	1 - 19	18 - 36
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	20 - 26	37 - 43
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	27 - 29	44 - 46
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	30 - 36	47 - 53
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	37 - 68	54 - 85
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	69 - 72	86 - 89
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	B	73 - 79	90 - 96
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	B	80 - 115	97 - 132

精密化

*PLUS

R_factor R_free: 0.172 / R_factor R_work: 0.15

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.013
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.44

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.204 / R_factor R_work: 0.168

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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