PDB-1pt0: Unprocessed Pyruvoyl Dependent Aspartate Decarboxylase with an Al...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1pt0

タイトル

Unprocessed Pyruvoyl Dependent Aspartate Decarboxylase with an Alanine insertion at position 26

要素

Aspartate 1-decarboxylase

キーワード

LYASE / Decarboxylase / Pantothenate pathway / Protein Self-Processing

機能・相同性

機能・相同性情報

alanine biosynthetic process / aspartate 1-decarboxylase / aspartate 1-decarboxylase activity / pantothenate biosynthetic process / protein autoprocessing / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Schmitzberger, F. / Kilkenny, M.L. / Lobley, C.M.C. / Webb, M.E. / Vinkovic, M. / Matak-Vinkovic, D. / Witty, M. / Chirgadze, D.Y. / Smith, A.G. / Abell, C. / Blundell, T.L.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Structural constraints on protein self-processing in L-aspartate-alpha-decarboxylase
著者: Schmitzberger, F. / Kilkenny, M.L. / Lobley, C.M.C. / Webb, M.E. / Vinkovic, M. / Matak-Vinkovic, D. / Witty, M. / Chirgadze, D.Y. / Smith, A.G. / Abell, C. / Blundell, T.L.

履歴

登録	2003年6月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1pt0.cif.gz	108.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1pt0.ent.gz	83.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1pt0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1pt0_validation.pdf.gz	449.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1pt0_full_validation.pdf.gz	450.8 KB	表示
XML形式データ	1pt0_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	1pt0_validation.cif.gz	17.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/1pt0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/1pt0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ppyC 1pqeC 1pqfC 1pqhC 1pt1C 1pyqC 1pyuC 1aw8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1pyq-1 4azd-1 1pyu-1 1aw8-1 1ppy-1 1pt1-1 6p02-2 1pqe-1 6oz8-1 6oz8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aspartate 1-decarboxylase

B: Aspartate 1-decarboxylase

ヘテロ分子

31.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aspartate 1-decarboxylase

B: Aspartate 1-decarboxylase

ヘテロ分子

A: Aspartate 1-decarboxylase

B: Aspartate 1-decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.935, 70.935, 217.741
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

詳細

The biological unit is a tetramer generated from the symmetry operator x,x-y+1,1/6-z

#1: タンパク質	Aspartate 1-decarboxylase / Aspartate alpha-decarboxylase 分子量: 15850.979 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: PAND / プラスミド: pRSETa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: P0A790, aspartate 1-decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.8 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 1.4-1.6M Ammonium Sulphate, 0.1M Citric Acid, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

結晶化

*PLUS

温度: 19 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	5-9 mg/ml	protein	1	drop
2	1.4-1.6 M	ammonium sulfate	1	reservoir
3	0.1 M	citric acid	1	reservoir	pH4.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月14日
放射	モノクロメーター: slit / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→25 Å / Num. all: 23013 / Num. obs: 22903 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 23.7 % / B_iso Wilson estimate: 23.4 Å² / R_sym value: 0.064 / Net I/σ(I): 37.54
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / R_merge(I) obs: 0.191 / Mean I/σ(I) obs: 256.6 / R_sym value: 0.1071 / % possible all: 99.3
反射	PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 25 Å / Num. obs: 23013 / 冗長度: 28.7 % / R_merge(I) obs*: 0.064
反射シェル	PLUS % possible obs: 99.3 % / Mean I/σ(I) obs*: 10.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AW8

1aw8

解像度: 2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 2.596 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19084	1669	7.3 %	RANDOM
R_work	0.17394	-	-	-
all	0.17519	23013	-	-
obs	0.17519	21139	99.62 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.04 Å²	-0.02 Å²	0 Å²
2-	-	-0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.06 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error free: 0.118 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1743	0	5	175	1923

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	1787
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	1603
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.469	1.914	2425
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.106	3	3693
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.201	5	233
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.135	0.2	275
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2047
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	374
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	336
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.257	0.2	1936
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	1071
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.15	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.32	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.245	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.731	1.5	1153
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.349	2	1834
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.283	3	634
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.835	4.5	590

LS精密化シェル

解像度: 1.998→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.201	126
R_work	0.182	1483

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.128	1.5051	3.7606	2.6979	3.4648	6.586	-0.2047	-0.0405	0.3451	-0.3406	-0.0559	0.1633	-0.5194	-0.0141	0.2605	0.1295	-0.0201	-0.0091	0.0544	0.0678	0.0867	264.6966	-78.4529	23.5882
2	26.6681	-9.4941	-9.1996	26.7924	11.058	19.3322	0.0147	-0.5488	-0.7193	1.0952	0.4104	-1.3877	1.1971	0.9132	-0.4251	0.1855	-0.0138	-0.1391	0.2311	-0.0358	0.2137	280.0461	-77.0655	40.005
3	62.4781	-9.3447	13.2192	7.6637	-5.1803	4.1086	0.2153	-1.0792	-0.9585	0.7479	-0.1389	-1.4723	0.2299	0.9376	-0.0764	0.3457	0.0053	-0.1545	0.5085	-0.0822	0.4335	283.0165	-83.9682	37.6862
4	1.1963	1.3132	1.3972	1.7521	1.5139	2.6926	-0.0278	-0.0529	0.0866	0.0152	-0.004	-0.0197	-0.1116	0.022	0.0318	0.1293	-0.0091	-0.015	0.1355	0.0071	0.1174	268.1201	-78.1269	30.7961
5	2.4214	0.4284	-0.0624	9.1238	-0.9023	3.6258	0.0502	0.2107	0.1364	-0.6768	-0.1008	-0.4878	-0.1068	0.2124	0.0506	0.0764	0.0064	0.0244	0.1535	0.0422	0.0939	268.4775	-84.648	5.4568
6	67.3046	10.1977	61.5899	40.6691	28.4707	84.2059	-0.58	-2.9125	0.6815	1.3142	0.9996	-1.2292	-1.7568	-1.6848	-0.4196	0.4507	-0.0339	0.1163	0.3707	-0.0265	0.5146	273.4314	-63.5588	12.1348
7	18.5981	12.8896	29.0283	48.5752	32.3069	83.7024	0.2176	-2.0103	0.9068	2.3233	-0.0376	-1.9792	-1.6521	-0.656	-0.18	0.3653	-0.0624	-0.0698	0.3887	-0.0922	0.4968	270.2242	-67.4016	19.4979
8	2.777	0.0462	-0.5794	3.5077	-0.3151	2.0131	0.1202	0.1598	0.4805	-0.2127	-0.0162	-0.2685	-0.496	0.1432	-0.1039	0.2059	-0.0256	0.0214	0.1492	0.0591	0.1687	267.7077	-76.9888	7.1609

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	0 - 15	17 - 32
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	16 - 19	33 - 36
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	20 - 27	37 - 44
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	28 - 116	45 - 133
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	1 - 15	18 - 32
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	16 - 20	33 - 37
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	21 - 27	38 - 44
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	28 - 116	45 - 133

精密化

*PLUS

Num. reflection R_free: 69 / R_factor R_free: 0.191 / R_factor R_work: 0.174

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.015
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.59

LS精密化シェル

*PLUS

最高解像度: 2 Å / R_factor R_free: 0.189 / R_factor R_work: 0.172

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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