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- PDB-1pq8: Trypsin at pH 4 at atomic resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pq8
タイトルTrypsin at pH 4 at atomic resolution
要素
  • GLY-GLY-ARG PEPTIDE
  • Trypsin
キーワードHYDROLASE / trypsin / atomic resolution / catalysis
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsin / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / LYSINE / Trypsin
類似検索 - 構成要素
生物種Fusarium oxysporum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1 Å
データ登録者Schmidt, A. / Jelsch, C. / Rypniewski, W. / Lamzin, V.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Trypsin Revisited: CRYSTALLOGRAPHY AT (SUB) ATOMIC RESOLUTION AND QUANTUM CHEMISTRY REVEALING DETAILS OF CATALYSIS.
著者: Schmidt, A. / Jelsch, C. / Ostergaard, P. / Rypniewski, W. / Lamzin, V.S.
履歴
登録2003年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.42024年10月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trypsin
C: GLY-GLY-ARG PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1177
ポリマ－22,4902
非ポリマー6285
水5,891327
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.930, 36.887, 39.744
Angle α, β, γ (deg.)102.67, 104.66, 102.61
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Trypsin


分子量: 22200.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Fusarium oxysporum (菌類) / 参照: UniProt: P35049, trypsin
#2: タンパク質・ペプチド GLY-GLY-ARG PEPTIDE


分子量: 289.313 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide is chemically synthesized.

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非ポリマー , 4種, 332分子

#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2
#5: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: Na-sulphate, Na-Citrate, pH 4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Rypniewski, W.R., (1993) Protein Eng., 6, 341. / PH range low: 5.5 / PH range high: 5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
112.5 mg/mlprotein1drop
20.7 Mammonium sulfate1drop
350 mMcitrate1drop
41.4 Mammonium sulfate1reservoir
50.1 Msodium citrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.802 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.802 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→25 Å / Num. all: 86840 / Num. obs: 86840 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 7.1 Å2 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1→1.01 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Rsym value: 0.385 / % possible all: 92.6
反射
*PLUS
最高解像度: 1 Å / 最低解像度: 22 Å / Num. obs: 86663 / Rmerge(I) obs: 0.073

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1→20 Å / Num. parameters: 19056 / Num. restraintsaints: 25644 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT. Initially Rfree (building stage) was used (10% of data at random), later none. There is a peptide chain C, GLY-GLY-ARG. The ARG is in two alternate conformations, A ...詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT. Initially Rfree (building stage) was used (10% of data at random), later none. There is a peptide chain C, GLY-GLY-ARG. The ARG is in two alternate conformations, A and B. There is a LYS 403 ligand that also occupies the same space as the ARG and is not part of the peptide chain. The LYS is labelled as alternate conformation C.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.1279 --
all-86657 -
obs-86657 94.9 %
Refine analyzeNum. disordered residues: 55 / Occupancy sum hydrogen: 1499.14 / Occupancy sum non hydrogen: 1883.6
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3455 0 37 327 3819
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 96 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1 Å / Rfactor Rwork: 0.128
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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