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- PDB-1pq1: Crystal structure of Bcl-xl/Bim -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pq1
タイトルCrystal structure of Bcl-xl/Bim
要素
  • Apoptosis regulator Bcl-X
  • BCL2-like protein 11
キーワードAPOPTOSIS / Bcl-xl/Bim
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of BIM and translocation to mitochondria / The NLRP1 inflammasome / leukocyte homeostasis / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / positive regulation of lymphocyte apoptotic process / NRAGE signals death through JNK / lymphocyte homeostasis / regulation of developmental pigmentation / RAS processing / lymphocyte apoptotic process ...Activation of BIM and translocation to mitochondria / The NLRP1 inflammasome / leukocyte homeostasis / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / positive regulation of lymphocyte apoptotic process / NRAGE signals death through JNK / lymphocyte homeostasis / regulation of developmental pigmentation / RAS processing / lymphocyte apoptotic process / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / developmental pigmentation / positive regulation of fibroblast apoptotic process / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / apoptotic process in bone marrow cell / dendritic cell apoptotic process / ear development / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / T cell apoptotic process / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / regulation of organ growth / positive regulation of T cell apoptotic process / tube formation / mammary gland development / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of execution phase of apoptosis / regulation of mitochondrial membrane permeability / fertilization / regulation of growth / myeloid cell homeostasis / Bcl-2 family protein complex / response to cycloheximide / thymocyte apoptotic process / hepatocyte apoptotic process / cellular response to alkaloid / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / odontogenesis of dentin-containing tooth / negative regulation of reproductive process / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of developmental process / dynein complex binding / germ cell development / BH3 domain binding / T cell homeostasis / B cell homeostasis / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / ovarian follicle development / spleen development / positive regulation of cell cycle / response to cytokine / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / response to endoplasmic reticulum stress / thymus development / release of cytochrome c from mitochondria / cell-matrix adhesion / epithelial cell proliferation / regulation of cytokinesis / post-embryonic development / regulation of mitochondrial membrane potential / mitochondrion organization / cellular response to amino acid stimulus / symbiont-mediated activation of host apoptosis / kidney development / positive regulation of protein-containing complex assembly / cellular response to gamma radiation / response to radiation / mitochondrial membrane / response to virus / male gonad development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / synaptic vesicle membrane / positive regulation of neuron apoptotic process / neuron apoptotic process / spermatogenesis / nuclear membrane / regulation of apoptotic process / microtubule binding / defense response to virus / in utero embryonic development / negative regulation of neuron apoptotic process / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / positive regulation of apoptotic process / mitochondrial matrix / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / centrosome / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum / mitochondrion / identical protein binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Apoptosis, Bim N-terminal / Bcl-2-like protein 11 / : / Bim protein N-terminus / Bcl-x interacting, BH3 domain / Bcl-x interacting, BH3 domain / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. ...Apoptosis, Bim N-terminal / Bcl-2-like protein 11 / : / Bim protein N-terminus / Bcl-x interacting, BH3 domain / Bcl-x interacting, BH3 domain / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2-like protein 11 / Bcl-2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Liu, X. / Dai, S. / Zhu, Y. / Marrack, P. / Kappler, J.W.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2003
タイトル: The structure of a Bcl-xl/Bim fragment complex: Implications for Bim function
著者: Liu, X. / Dai, S. / Zhu, Y. / Marrack, P. / Kappler, J.W.
履歴
登録2003年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis regulator Bcl-X
B: BCL2-like protein 11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1772
ポリマ－26,1772
非ポリマー00
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2110 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area9100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.100, 47.340, 49.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Apoptosis regulator Bcl-X / BCL2-like 1 protein


分子量: 22056.209 Da / 分子数: 1 / 断片: BIM / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: BCL2L1 OR BCL2L OR BCLX / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi-five / 参照: UniProt: Q64373
#2: タンパク質・ペプチド BCL2-like protein 11 / BCL2 interacting mediator of cell death


分子量: 4120.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: BCL2L11 OR BIM / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi-five / 参照: UniProt: O54918
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: NH4H2PO4, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
116 %ammonium sulfate1reservoir
20.1 MMES1reservoirpH6.5
35 %1,4-dioxane1reservoir
415 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年2月18日
放射モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→20 Å / Num. all: 19877 / Num. obs: 19877 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 25.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 1.65→1.75 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.218 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 1765 / % possible all: 90.9
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90.9 % / Num. unique obs: 1765

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: mouse Bcl-xl, pdb entry 1PQ0

1pq0


解像度: 1.65→19.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 923 4.7 %RANDOM
Rwork0.219 ---
all0.23 19462 --
obs0.219 19462 95 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.2048 Å2 / ksol: 0.393725 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.17 Å20 Å2-1.28 Å2
2--0.49 Å20 Å2
3----3.67 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1458 0 0 169 1627
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.68
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 140 4.7 %
Rwork0.271 2856 -
obs-1621 87.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3&_1_PARAMETER_INFILE_3
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor Rwork: 0.217
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0052
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.11
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg18.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.68
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.313 / Rfactor Rwork: 0.27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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