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- PDB-1ppt: X-RAY ANALYSIS (1.4-ANGSTROMS RESOLUTION) OF AVIAN PANCREATIC POL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ppt
タイトルX-RAY ANALYSIS (1.4-ANGSTROMS RESOLUTION) OF AVIAN PANCREATIC POLYPEPTIDE. SMALL GLOBULAR PROTEIN HORMONE
要素AVIAN PANCREATIC POLYPEPTIDE
キーワードPANCREATIC HORMONE
機能・相同性Pancreatic hormone-like / Pancreatic hormone-like, conserved site / Pancreatic hormone peptide / Pancreatic hormone family signature. / Pancreatic hormone family profile. / Pancreatic hormones / neuropeptide F / peptide YY family / hormone activity / extracellular region / Pancreatic polypeptide
機能・相同性情報
生物種Meleagris gallopavo (シチメンチョウ)
手法X線回折 / 解像度: 1.37 Å
データ登録者Blundell, T.L. / Pitts, J.E. / Tickle, I.J. / Wood, S.P.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 1981
タイトル: X-ray analysis (1. 4-A resolution) of avian pancreatic polypeptide: Small globular protein hormone.
著者: Blundell, T.L. / Pitts, J.E. / Tickle, I.J. / Wood, S.P. / Wu, C.W.
#1: ジャーナル: Biopolymers / 年: 1983
タイトル: Conformational Flexibility in a Small Globular Hormone. X-Ray Analysis of Avian Pancreatic Polypeptide at 0.98-Angstroms Resolution
著者: Glover, I. / Haneef, I. / Pitts, J. / Wood, S. / Moss, D. / Tickle, I. / Blundell, T.
#2: ジャーナル: Kristallografiya / 年: 1982
タイトル: Crystal Structure Analysis of Avian Pancreatic Polypeptide at 1.37 Angstroms Resolution
著者: Pitts, J.E. / Tickle, I.J. / Wood, S.P. / Blundell, T.L.
#3: ジャーナル: Sov.Phys.Crystallogr.(Engl.Transl.) / 年: 1982
タイトル: Crystal Structure Analysis of Avian Pancreatic Polypeptide at 1.37 Angstroms Resolution
著者: Pitts, J.E. / Tickle, I.J. / Wood, S.P. / Blundell, T.L.
#4: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1977
タイトル: Purification, Crystallisation and Preliminary X-Ray Studies on Avian Pancreatic Polypeptide
著者: Wood, S.P. / Pitts, J.E. / Blundell, T.L. / Tickle, I.J. / Jenkins, J.A.
#5: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1975
タイトル: Isolation and Characterization of a New Pancreatic Polypeptide Hormone
著者: Kimmel, J.R. / Hayden, L.J. / Pollock, H.G.
履歴
登録1981年1月16日処理サイト: BNL
改定 1.01981年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AVIAN PANCREATIC POLYPEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,3082
ポリマ－4,2431
非ポリマー651
水00
1
A: AVIAN PANCREATIC POLYPEPTIDE
ヘテロ分子

A: AVIAN PANCREATIC POLYPEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6164
ポリマ－8,4852
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area1450 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area5400 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)34.180, 32.920, 28.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.26, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド AVIAN PANCREATIC POLYPEPTIDE


分子量: 4242.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Meleagris gallopavo (シチメンチョウ)
参照: UniProt: P68249
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.23 %
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: Wood, S.P., (1977) Eur. J. Biochem., 78, 119.

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化最高解像度: 1.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数301 0 1 0 302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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