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- PDB-1ppa: THE CRYSTAL STRUCTURE OF A LYSINE 49 PHOSPHOLIPASE A2 FROM THE VE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ppa
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF A LYSINE 49 PHOSPHOLIPASE A2 FROM THE VENOM OF THE COTTONMOUTH SNAKE AT 2.0 ANGSTROMS RESOLUTION
要素PHOSPHOLIPASE A2
キーワードHYDROLASE(CARBOXYLIC ESTERASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / phospholipid metabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ANILINE / Basic phospholipase A2 homolog AppP2
類似検索 - 構成要素
生物種Agkistrodon piscivorus piscivorus (ヘビ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Holland, D.R. / Clancy, L.L. / Muchmore, S.W. / Rydel, T.J. / Einspahr, H.M. / Finzel, B.C. / Heinrikson, R.L. / Watenpaugh, K.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990
タイトル: The crystal structure of a lysine 49 phospholipase A2 from the venom of the cottonmouth snake at 2.0-A resolution.
著者: Holland, D.R. / Clancy, L.L. / Muchmore, S.W. / Ryde, T.J. / Einspahr, H.M. / Finzel, B.C. / Heinrikson, R.L. / Watenpaugh, K.D.
履歴
登録1991年10月29日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOLIPASE A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0802
ポリマ－13,9871
非ポリマー931
水2,720151
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.530, 71.530, 57.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Atom site foot note1: THE SIDE GROUP OF SER 74 IS DISORDERED SUCH THAT TWO DISCRETE 'OG' POSITIONS APPEAR IN THE ELECTRON DENSITY MAP.

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHOLIPASE A2


分子量: 13987.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agkistrodon piscivorus piscivorus (ヘビ)
生物種: Agkistrodon piscivorus / 株: piscivorus / 参照: UniProt: P04361, phospholipase A2
#2: 化合物 ChemComp-ANL / ANILINE / アニリン


分子量: 93.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H7N
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE SUBSTRATE CYLCLOHEXYLAMINE IS UNCERTAIN. IT WAS DESCRIBED AS A 'STRANGE DENSITY', MAYBE ...THE SUBSTRATE CYLCLOHEXYLAMINE IS UNCERTAIN. IT WAS DESCRIBED AS A 'STRANGE DENSITY', MAYBE DIOXANE, IN THE PRIMARY PUBLICATION. IT IS MORE LIKELY CYCLOHEXYLAMINE SINCE THE VENTILATING SYSTEM WAS SPREADING IT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.28 %
結晶化
*PLUS
pH: 9 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
130 mg/mlprotein1drop
22.0-2.3 Mammonium sulfate1reservoir
350 mMCHES1reservoir
42 %(v/v)dioxane1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Num. obs: 10136 / Rmerge(I) obs: 0.08

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解析

ソフトウェア名称: CEDAR / 分類: 精密化
精密化解像度: 2→10 Å /
Rfactor反射数
Rwork0.157 -
obs-10003
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数969 0 7 151 1127
ソフトウェア
*PLUS
名称: CEDAR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 10003 / Rfactor obs: 0.157
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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