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万見
- PDB-1pp0: volvatoxin A2 in monoclinic crystal -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pp0
タイトルvolvatoxin A2 in monoclinic crystal
要素volvatoxin A2
キーワードTOXIN / volvatoxin A2 / ingot crystal form
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
Delta-endotoxin CytB / Delta-endotoxin CytB-like / Delta-endotoxin CytB / Delta-endotoxin CytB-like superfamily / Bacillus thuringiensis toxin / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Volvatoxin A2
類似検索 - 構成要素
生物種Volvariella volvacea (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Lin, S.-C. / Lo, Y.-C. / Lin, J.-Y. / Liaw, Y.-C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal structures and electron micrographs of fungal volvatoxin A2
著者: Lin, S.-C. / Lo, Y.-C. / Lin, J.-Y. / Liaw, Y.-C.
履歴
登録2003年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: volvatoxin A2
B: volvatoxin A2
C: volvatoxin A2
D: volvatoxin A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,20917
ポリマ－89,4284
非ポリマー78113
水13,619756
1
A: volvatoxin A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6576
ポリマ－22,3571
非ポリマー3005
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: volvatoxin A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5374
ポリマ－22,3571
非ポリマー1803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: volvatoxin A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4172
ポリマ－22,3571
非ポリマー601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: volvatoxin A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5975
ポリマ－22,3571
非ポリマー2404
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)153.983, 57.478, 114.629
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.39, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
volvatoxin A2


分子量: 22356.961 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Volvariella volvacea (菌類) / 参照: UniProt: Q6USC4
#2: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 756 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: ammonium sulfate, PEG 4000, acetate buffer, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 133 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.9236 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9236 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→29.85 Å / Num. all: 172073 / Num. obs: 146871 / % possible obs: 85.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 24.5 Å2 / Limit h max: 81 / Limit h min: -108 / Limit k max: 41 / Limit k min: -108 / Limit l max: 81 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 895251.86 / Observed criterion F min: 0.32 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 26
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.258 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 49.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCquantum softwareデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IW3

1iw3
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.42→29.85 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 6898 5.1 %RANDOM
Rwork0.229 ---
all-164652 --
obs-136219 82.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 68.7373 Å2 / ksol: 0.394891 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 116.37 Å2 / Biso mean: 30.32 Å2 / Biso min: 10.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.54 Å20 Å25.41 Å2
2---6.88 Å20 Å2
3---6.34 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.19 Å
Luzzati d res high-1.42
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.42→29.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6148 0 0 808 6956
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.271.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.262
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.182
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.832.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.42-1.480.36261730.342117630.014205011238060.4
1.48-1.560.3237453.60.296132730.011205311401868.3
1.56-1.660.297613.70.275143990.01205221516073.9
1.66-1.790.2838384.10.26156470.009205671648580.1
1.79-1.970.2549114.40.239170600.008205421797187.5
1.97-2.250.27110094.90.244188820.008205921989196.6
2.25-2.840.262104150.234193710.007206652041298.8
2.84-29.850.2329764.70.205189260.007209581990295
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4acy.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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