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- PDB-1pot: SPERMIDINE/PUTRESCINE-BINDING PROTEIN COMPLEXED WITH SPERMIDINE (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pot
タイトルSPERMIDINE/PUTRESCINE-BINDING PROTEIN COMPLEXED WITH SPERMIDINE (MONOMER FORM)
要素SPERMIDINE/PUTRESCINE-BINDING PROTEIN
キーワードBINDING PROTEIN / POLYAMINE TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


spermidine transmembrane transport / spermidine binding / spermidine transport / putrescine binding / putrescine transport / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane
類似検索 - 分子機能
Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SPERMIDINE / Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein / Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Sugiyama, S. / Maenaka, K. / Matsushima, M. / Morikawa, K.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1996
タイトル: The 1.8-A X-ray structure of the Escherichia coli PotD protein complexed with spermidine and the mechanism of polyamine binding.
著者: Sugiyama, S. / Matsuo, Y. / Maenaka, K. / Vassylyev, D.G. / Matsushima, M. / Kashiwagi, K. / Igarashi, K. / Morikawa, K.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: Crystal Structure of Potd, the Primary Receptor of the Polyamine Transport System in Escherichia Coli
著者: Sugiyama, S. / Vassylyev, D.G. / Matsushima, M. / Kashiwagi, K. / Igarashi, K. / Morikawa, K.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1993
タイトル: Functions of Pota and Potd Proteins in Spermidine-Preferential Uptake System in Escherichia Coli
著者: Kashiwagi, K. / Miyamoto, S. / Nukui, E. / Kobayashi, H. / Igarashi, K.
履歴
登録1996年2月2日処理サイト: BNL
改定 1.01996年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SPERMIDINE/PUTRESCINE-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6732
ポリマ－36,5281
非ポリマー1451
水5,891327
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)130.300, 130.300, 38.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 SPERMIDINE/PUTRESCINE-BINDING PROTEIN / POTD


分子量: 36528.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: THE POLYAMINE TRANSPORT GENES IN ESCHERICHIA COLI HAD BEEN CLONED AND WAS PREVIOUSLY DESCRIBED (KASHIWAGI ET AL., (1990) J.BIOL.CHEM. 265:20893-20897, KASHIWAGI ET AL., (1991) J.BIOL.CHEM. 266:20922-20927)
由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23861, UniProt: P0AFK9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 %PEG40001drop
210 mMHEPES1drop

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年2月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→300 Å / Num. obs: 24579 / % possible obs: 87.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.091
反射
*PLUS
最低解像度: 9999 Å / Num. measured all: 246531

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解析

ソフトウェア
名称分類
PROLSQ精密化
WELMSデータ削減
精密化解像度: 1.8→6 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数
Rwork0.198 -
obs-23364
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2519 0 10 327 2856
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0130.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0370.035
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0460.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.171.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.8662
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.5892
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.2432.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0110.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1650.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1860.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2150.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.2430.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor1.83
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor22.315
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor32.720
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.198 / Rfactor Rwork: 0.198
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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