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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1poq | ||||||
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タイトル | Solution Structure of a Superantigen from Yersinia pseudotuberculosis | ||||||
要素 | YPM | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / Jelly roll fold | ||||||
機能・相同性 | Mitogen Ypm / Mitogen, Yersinia pseudotuberculosis / Mitogen Ypm superfamily / Yersinia pseudo-tuberculosis mitogen / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / -derived mitogen 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Donadini, R. / Liew, C.W. / Kwan, A.H. / Mackay, J.P. / Fields, B.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2004 タイトル: Crystal and Solution Structures of a Superantigen from Yersinia pseudotuberculosis Reveal a Jelly-Roll Fold. 著者: Donadini, R. / Liew, C.W. / Kwan, A.H. / Mackay, J.P. / Fields, B.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1poq.cif.gz | 705 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1poq.ent.gz | 609.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1poq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1poq_validation.pdf.gz | 345.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1poq_full_validation.pdf.gz | 534.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1poq_validation.xml.gz | 43.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1poq_validation.cif.gz | 69.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/1poq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/1poq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13110.629 Da / 分子数: 1 / 断片: YPM(residues 33-151) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌) 遺伝子: ypmA / プラスミド: pMAL-p2x / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Novablue / 参照: UniProt: Q57221 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear and triple-resonance NMR spectroscopy. |
-試料調製
詳細 | 内容: 0.5mM YPM protein (33-151), 95% H2O, 5% D2O / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O |
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試料状態 | pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz |
-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics ソフトェア番号: 1 詳細: Final structures were based on 1934 unambiguous NOE-derived distance constraints, 139 ambiguous constraints, 135 dihedral angle restraints and 26 hydrogen bond distance restraints. | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |