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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pn4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of 2-enoyl-CoA hydratase 2 domain of Candida tropicalis multifunctional enzyme type 2 complexed with (3R)-hydroxydecanoyl-CoA. | ||||||
![]() | Peroxisomal hydratase-dehydrogenase-epimerase | ||||||
![]() | LYASE / Hot-Dog fold / Hydratase 2 motif / Oxyanion hole / Enzyme-product complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / (3R)-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (NAD+) activity / enoyl-CoA hydratase 2 / (3S)-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (NAD+) activity / enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid beta-oxidation / isomerase activity / peroxisome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Koski, M.K. / Haapalainen, A.M. / Hiltunen, J.K. / Glumoff, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A Two-domain Structure of One Subunit Explains Unique Features of Eukaryotic Hydratase 2. 著者: Koski, M.K. / Haapalainen, A.M. / Hiltunen, J.K. / Glumoff, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 232.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 184.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 45.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 63.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The asymmetric unit is complete and the biological unit is a dimer. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31396.729 Da / 分子数: 4 / 断片: 2-enoyl-CoA hydratase 2 domain / 変異: E627M, H813Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P22414, 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.53 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG 2000 MME, HEPES, trans-2-decenoyl-CoA, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月9日 |
放射 | モノクロメーター: TRIANGULAR MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8019 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→35 Å / Num. all: 49040 / Num. obs: 47255 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 30.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.5 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.232 / Mean I/σ(I) obs: 4.53 / Num. unique all: 7461 / % possible all: 90.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Subunit D of PDB ENTRY 1PN2 解像度: 2.35→35 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→35 Å
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拘束条件 |
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