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- PDB-1pn4: Crystal structure of 2-enoyl-CoA hydratase 2 domain of Candida tr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pn4
タイトルCrystal structure of 2-enoyl-CoA hydratase 2 domain of Candida tropicalis multifunctional enzyme type 2 complexed with (3R)-hydroxydecanoyl-CoA.
要素Peroxisomal hydratase-dehydrogenase-epimerase
キーワードLYASE / Hot-Dog fold / Hydratase 2 motif / Oxyanion hole / Enzyme-product complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / (3R)-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (NAD+) activity / enoyl-CoA hydratase 2 / (3S)-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (NAD+) activity / enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid beta-oxidation / isomerase activity / peroxisome
類似検索 - 分子機能
: / MFE-2 hydratase 2 N-terminal domain / : / MaoC-like dehydratase domain / MaoC like domain / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / short chain dehydrogenase / HotDog domain superfamily / PKS_KR ...: / MFE-2 hydratase 2 N-terminal domain / : / MaoC-like dehydratase domain / MaoC like domain / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / short chain dehydrogenase / HotDog domain superfamily / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3R-HYDROXYDECANOYL-COENZYME A / Peroxisomal hydratase-dehydrogenase-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Candida tropicalis (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Koski, M.K. / Haapalainen, A.M. / Hiltunen, J.K. / Glumoff, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: A Two-domain Structure of One Subunit Explains Unique Features of Eukaryotic Hydratase 2.
著者: Koski, M.K. / Haapalainen, A.M. / Hiltunen, J.K. / Glumoff, T.
履歴
登録2003年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Advisory / Data collection / Refinement description
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.classification ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42021年10月27日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisomal hydratase-dehydrogenase-epimerase
B: Peroxisomal hydratase-dehydrogenase-epimerase
C: Peroxisomal hydratase-dehydrogenase-epimerase
D: Peroxisomal hydratase-dehydrogenase-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,64911
ポリマ－125,5874
非ポリマー3,0627
水8,377465
1
A: Peroxisomal hydratase-dehydrogenase-epimerase
B: Peroxisomal hydratase-dehydrogenase-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9178
ポリマ－62,7932
非ポリマー2,1246
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6070 Å2
ΔGint31 kcal/mol
Surface area22050 Å2
手法PISA
2
C: Peroxisomal hydratase-dehydrogenase-epimerase
D: Peroxisomal hydratase-dehydrogenase-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7313
ポリマ－62,7932
非ポリマー9381
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3660 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area22400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.640, 151.290, 81.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.500, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The asymmetric unit is complete and the biological unit is a dimer.

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要素

#1: タンパク質
Peroxisomal hydratase-dehydrogenase-epimerase / HDE / MULTIFUNCTIONAL BETA-OXIDATION PROTEIN / MFP


分子量: 31396.729 Da / 分子数: 4 / 断片: 2-enoyl-CoA hydratase 2 domain / 変異: E627M, H813Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida tropicalis (酵母) / 遺伝子: FOX2 / プラスミド: pET3A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P22414, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類
#2: 化合物 ChemComp-HDC / 3R-HYDROXYDECANOYL-COENZYME A / 3R-HYDROXYDECANOYL-COA


分子量: 937.783 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H54N7O18P3S
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 465 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.53 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 2000 MME, HEPES, trans-2-decenoyl-CoA, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8019 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月9日
放射モノクロメーター: TRIANGULAR MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8019 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→35 Å / Num. all: 49040 / Num. obs: 47255 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 30.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.35→2.5 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.232 / Mean I/σ(I) obs: 4.53 / Num. unique all: 7461 / % possible all: 90.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1精密化
XDSデータ削減
CNS精密化
DENZOデータ削減
XDSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Subunit D of PDB ENTRY 1PN2

1pn2


解像度: 2.35→35 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 2363 -random
Rwork0.171 ---
obs0.174 47255 96.4 %-
all-49040 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8426 0 196 465 9087
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.55

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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