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- PDB-1pmx: INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR-I BOUND TO A PHAGE-DERIVED PEPTIDE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pmx
タイトルINSULIN-LIKE GROWTH FACTOR-I BOUND TO A PHAGE-DERIVED PEPTIDE
要素
  • IGF-1 ANTAGONIST F1-1
  • Insulin-like growth factor IB
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / IGF-I / PEPTIDE BINDING / HIGH AFFINITY LIGAND / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


glycolate metabolic process / muscle hypertrophy / negative regulation of oocyte development / insulin-like growth factor binding protein complex / insulin-like growth factor ternary complex / positive regulation of trophectodermal cell proliferation / prostate gland stromal morphogenesis / positive regulation of type B pancreatic cell proliferation / positive regulation of glycoprotein biosynthetic process / type II pneumocyte differentiation ...glycolate metabolic process / muscle hypertrophy / negative regulation of oocyte development / insulin-like growth factor binding protein complex / insulin-like growth factor ternary complex / positive regulation of trophectodermal cell proliferation / prostate gland stromal morphogenesis / positive regulation of type B pancreatic cell proliferation / positive regulation of glycoprotein biosynthetic process / type II pneumocyte differentiation / neuronal dense core vesicle lumen / proteoglycan biosynthetic process / regulation of establishment or maintenance of cell polarity / chondroitin sulfate proteoglycan biosynthetic process / myotube cell development / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / negative regulation of neuroinflammatory response / Signaling by Type 1 Insulin-like Growth Factor 1 Receptor (IGF1R) / skeletal muscle satellite cell maintenance involved in skeletal muscle regeneration / bone mineralization involved in bone maturation / positive regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / IRS-related events triggered by IGF1R / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / positive regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / exocytic vesicle / lung vasculature development / cerebellar granule cell precursor proliferation / positive regulation of myoblast proliferation / lung lobe morphogenesis / positive regulation of myelination / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / cell activation / glial cell differentiation / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / prostate gland growth / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / type B pancreatic cell proliferation / mammary gland development / exocrine pancreas development / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / myoblast differentiation / cell surface receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of Ras protein signal transduction / regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of smooth muscle cell migration / growth hormone receptor signaling pathway / positive regulation of DNA binding / negative regulation of interleukin-1 beta production / lung alveolus development / muscle organ development / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / branching morphogenesis of an epithelial tube / androgen receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / type I pneumocyte differentiation / negative regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / positive regulation of activated T cell proliferation / inner ear development / myoblast proliferation / negative regulation of tumor necrosis factor production / epithelial to mesenchymal transition / blood vessel remodeling / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / activation of protein kinase B activity / positive regulation of glycogen biosynthetic process / positive regulation of osteoblast differentiation / SHC-related events triggered by IGF1R / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / insulin-like growth factor receptor binding / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of mitotic nuclear division / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / platelet alpha granule lumen / positive regulation of glycolytic process / positive regulation of epithelial cell proliferation / skeletal system development / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein secretion / positive regulation of D-glucose import / insulin receptor binding / growth factor activity / cellular response to glucose stimulus / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / wound healing / circadian rhythm / hormone activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / multicellular organism growth / integrin binding / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of fibroblast proliferation / cellular response to amyloid-beta / osteoblast differentiation / insulin receptor signaling pathway
類似検索 - 分子機能
Insulin-like, subunit E / Insulin-like / Insulin-like growth factor I / Insulin-like growth factor / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. ...Insulin-like, subunit E / Insulin-like / Insulin-like growth factor I / Insulin-like growth factor / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Insulin-like growth factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Skelton, N.J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Complex with a Phage Display-Derived Peptide Provides Insight into the Function of Insulin-like Growth Factor I
著者: Schaffer, M.L. / Deshayes, K. / Nakamura, G. / Sidhu, S. / Skelton, N.J.
#1: ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2002
タイトル: Rapid Identification of Small Binding Motifs with High-Throughput Phage Display. Discovery of Peptidic Antagonists of Igf-1 Function
著者: Deshayes, K. / Schaffer, M.L. / Skelton, N.J. / Nakamura, G.R. / Kadkhodayan, S. / Sidhu, S.S.
履歴
登録2003年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insulin-like growth factor IB
B: IGF-1 ANTAGONIST F1-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5432
ポリマ－9,5432
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100LEAST VIOLATION OF EXPERIMENTAL RESTRAINTS
代表モデルモデル #1closest to the average, fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Insulin-like growth factor IB / IGF-IB / Somatomedin C


分子量: 7663.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PBKIGF2B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 43E7 / 参照: UniProt: P05019
#2: タンパク質・ペプチド IGF-1 ANTAGONIST F1-1


分子量: 1879.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: SEQUENCE DERIVED FROM PHAGE DISPLAY LIBRARY AND PREPARED BY CHEMICAL SYNTHESIS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-SEPARATED NOESY
121HNHA
131D-HNHB
1413D 15N-SEPARATED LOW MIXING TIME TOCSY
1512D-15N-FILTERED NOESY
1613D 13C-SEPARATED NOESY
1713D-13 FILTERED
18113C-EDITED NOESY
1912D-13C-FILTERED NOESY
NMR実験の詳細Text: THE RESONANCE ASSIGNMENTS WERE DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.4 MM IGF-I (15N), 2.0 MM PEPTIDE, 25 MM SODIUM ACETATE
21.4 MM IGF-I (13C,15N), 2.0 MM PEPTIDE, 25 MM SODIUM ACETATE
31.4 MM IGF-I (13C,15N), 2.0 MM PEPTIDE, 25 MM SODIUM ACETATED2O
試料状態イオン強度: 25 mM / pH: 5.1 / 圧: 1 atm / 温度: 313 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS2000.1ACCELRYS精密化
XwinNMR3.1ACCELRYS構造決定
Felix98ACCELRYS構造決定
精密化手法: TORSION ANGLE DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: THE COMPLEX WAS DETERMINED USING A TOTAL OF 905 NOE DISTANCE RESTRAINTS (146 INTRA RESIDUE, 203 SEQUENTIAL, 232 MEDIUM RANGE, 237 LONG-RANGE AND 87 INTERMOLECULAR), 24 HYDROGEN BOND ...詳細: THE COMPLEX WAS DETERMINED USING A TOTAL OF 905 NOE DISTANCE RESTRAINTS (146 INTRA RESIDUE, 203 SEQUENTIAL, 232 MEDIUM RANGE, 237 LONG-RANGE AND 87 INTERMOLECULAR), 24 HYDROGEN BOND RESTRAINTS, 139 DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS (72 PHI, 44 PSI AND 23 CHI-1). THE BEST 20 CONFORMERS (OF 100) HAD NO DISTANCE VIOLATIONS GREATER THAN 0.11A AND NO DIHEDRAL ANGLE VIOLATIONS GREATER THAN 1.5 DEGREES. RMSD FROM EXPERIMENTAL DISTANCE RESTRAINTS WAS 0.0049+/-0.0008. THE MEAN BACKBONE RMSD FROM THE MEAN STRUCTURE WAS 0.35 +/- 0.06 A FOR N, CA AND C ATOMS OF RESIDUES 3-26, 42-63 of IGF-I AND RESIDUES 3-15 OF THE PEPTIDE. 82% (17%) OF RESIDUES WERE IN THE MOST FAVOURED (ALLOWED) REGION OF PHI/PSI SPACE; NO RESIDUES WERE CONSISTENTLY IN THE DISALLOWED REGION.
代表構造選択基準: closest to the average, fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST VIOLATION OF EXPERIMENTAL RESTRAINTS
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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