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- PDB-1pms: PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN OF SON OF SEVENLESS 1 (SOS1) WITH GLYC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pms
タイトルPLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN OF SON OF SEVENLESS 1 (SOS1) WITH GLYCINE-SERINE ADDED TO THE N-TERMINUS, NMR, 20 STRUCTURES
要素SOS 1
キーワードSIGNAL TRANSDUCTION / PLECKSTRIN / SON OF SEVENLESS / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


Signalling to RAS / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC1 events in ERBB4 signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / SHC-mediated cascade:FGFR3 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / SHC-mediated cascade:FGFR1 / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-related events triggered by IGF1R ...Signalling to RAS / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC1 events in ERBB4 signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / SHC-mediated cascade:FGFR3 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / SHC-mediated cascade:FGFR1 / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-related events triggered by IGF1R / SOS-mediated signalling / FRS-mediated FGFR3 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by LTK / FRS-mediated FGFR1 signaling / FRS-mediated FGFR2 signaling / Tie2 Signaling / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / Interleukin-15 signaling / MET activates RAS signaling / FLT3 Signaling / NCAM signaling for neurite out-growth / Regulation of KIT signaling / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Downstream signal transduction / FCERI mediated MAPK activation / Insulin receptor signalling cascade / NRAGE signals death through JNK / Signal attenuation / Signaling by SCF-KIT / lymphocyte homeostasis / RAC1 GTPase cycle / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Interleukin receptor SHC signaling / G alpha (12/13) signalling events / FCERI mediated Ca+2 mobilization / midbrain morphogenesis / regulation of pro-B cell differentiation / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / RAF/MAP kinase cascade / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / vitellogenesis / RET signaling / heart trabecula morphogenesis / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / regulation of T cell differentiation in thymus / GTPase complex / blood vessel morphogenesis / positive regulation of Ras protein signal transduction / DAP12 signaling / epidermal growth factor receptor binding / small GTPase-mediated signal transduction / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / eyelid development in camera-type eye / B cell homeostasis / regulation of T cell proliferation / roof of mouth development / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / hair follicle development / Schwann cell development / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / heart morphogenesis / myelination / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / guanyl-nucleotide exchange factor activity / response to ischemia / T cell activation / B cell receptor signaling pathway / molecular condensate scaffold activity / SH3 domain binding / multicellular organism growth / epidermal growth factor receptor signaling pathway / insulin receptor signaling pathway / regulation of cell population proliferation / Ras protein signal transduction / postsynaptic density / protein heterodimerization activity / neuronal cell body / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / glutamatergic synapse / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain ...Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / : / SOS1/NGEF-like PH domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Histone-fold / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Son of sevenless homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Koshiba, S. / Kigawa, T. / Kim, J. / Shirouzu, M. / Bowtell, D. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: The solution structure of the pleckstrin homology domain of mouse Son-of-sevenless 1 (mSos1).
著者: Koshiba, S. / Kigawa, T. / Kim, J.H. / Shirouzu, M. / Bowtell, D. / Yokoyama, S.
履歴
登録1997年2月18日処理サイト: BNL
改定 1.01997年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SOS 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5721
ポリマ－15,5721
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 SOS 1 / SON OF SEVENLESS


分子量: 15571.882 Da / 分子数: 1 / 断片: PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN / 変異: INS(GS-Q433) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PGEX-4T3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q62245

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

試料状態pH: 6.5 / 温度: 293 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX600 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX600 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT WAS VIA A SIMULATED ANNEALING PROTOCOL USING NMR-DERIVED RESTRAINTS AND X-PLOR 3.1. RMSD BACKBONE HEAVY ATOMS (SECONDARY STRUCTURE ELEMENTS) 0.70 +/- 0.34; ALL HEAVY ATOMS ...詳細: REFINEMENT WAS VIA A SIMULATED ANNEALING PROTOCOL USING NMR-DERIVED RESTRAINTS AND X-PLOR 3.1. RMSD BACKBONE HEAVY ATOMS (SECONDARY STRUCTURE ELEMENTS) 0.70 +/- 0.34; ALL HEAVY ATOMS (SECONDARY STRUCTURE ELEMENTS) 1.24 +/-0.35.
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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