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万見
- PDB-1pm4: Crystal structure of Yersinia pseudotuberculosis-derived mitogen (YPM) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pm4
タイトルCrystal structure of Yersinia pseudotuberculosis-derived mitogen (YPM)
要素YPM
キーワードTOXIN / Jelly roll fold
機能・相同性Mitogen Ypm / Mitogen, Yersinia pseudotuberculosis / Mitogen Ypm superfamily / Yersinia pseudo-tuberculosis mitogen / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / -derived mitogen
機能・相同性情報
生物種Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.755 Å
データ登録者Donadini, R. / Liew, C.W. / Kwan, A.H. / Mackay, J.P. / Fields, B.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: Crystal and Solution Structures of a Superantigen from Yersinia pseudotuberculosis Reveal a Jelly-Roll Fold.
著者: Donadini, R. / Liew, C.W. / Kwan, A.H. / Mackay, J.P. / Fields, B.A.
履歴
登録2003年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 3 ... BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 3 CHAIN(S). The trimerization may be biologically relevant but has not yet been established experimentally. The protein is a monomer in solution.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YPM
B: YPM
C: YPM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6713
ポリマ－39,6713
非ポリマー00
水6,107339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)138.651, 78.652, 32.901
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.97, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 YPM


分子量: 13223.785 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌)
遺伝子: ypma / プラスミド: pMAL-p2x / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Novablue / 参照: UniProt: Q57221
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: Ammonium sulfate, PEG 200, sodium citrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Donadini, R., (2003) Acta Cryst., D59, 1330.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
11.95-2.10 Mammonium sulfate1reservoir
24-5 %(v/v)PEG2001reservoir
30.1 Msodium citrate1reservoirpH5.8-7.6
475 mg/mlprotein1drop
50.1 Msodium citrate1droppH7.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL1-5 / 波長: 1.071 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月12日
放射モノクロメーター: 2-crystal monochromator, Si111, 1m long Rh coated bent cylindrical mirror for horizontal and vertical focussing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.071 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→40 Å / Num. all: 253851 / Num. obs: 253092 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 39.1
反射 シェル解像度: 1.755→1.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.515 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.1
反射
*PLUS
Num. obs: 35166 / Num. measured all: 253092
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.75 Å / % possible obs: 99.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.755→34.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 2.441 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.125 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22926 1749 5 %RANDOM
Rwork0.18201 ---
all0.18438 35113 --
obs0.18438 33364 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.498 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.78 Å20 Å2-0.9 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----0.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.755→34.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2748 0 0 339 3087
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0212799
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022450
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8971.9513796
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93235759
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8365348
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2428
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023104
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02504
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.2544
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2630.22966
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.21765
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1260.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3080.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1260.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3981.51732
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.39322803
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.83331067
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.24.5993
LS精密化 シェル解像度: 1.755→1.8 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.256 124
Rwork0.222 2350
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.75 Å / 最低解像度: 40 Å / Rfactor Rfree: 0.229 / Rfactor Rwork: 0.182
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.9
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.75 Å / 最低解像度: 1.8 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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