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- PDB-1plq: CRYSTAL STRUCTURE OF THE EUKARYOTIC DNA POLYMERASE PROCESSIVITY F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1plq
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE EUKARYOTIC DNA POLYMERASE PROCESSIVITY FACTOR PCNA
要素PROLIFERATING CELL NUCLEAR ANTIGEN (PCNA)
キーワードDNA-BINDING / NUCLEAR PROTEIN / DNA REPLICATION / PROCESSIVITY FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of DNA metabolic process / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / meiotic mismatch repair / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / Polymerase switching / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / maintenance of DNA trinucleotide repeats / SUMOylation of DNA replication proteins / Translesion synthesis by REV1 ...positive regulation of DNA metabolic process / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / meiotic mismatch repair / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / Polymerase switching / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / maintenance of DNA trinucleotide repeats / SUMOylation of DNA replication proteins / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Translesion Synthesis by POLH / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / Termination of translesion DNA synthesis / PCNA complex / lagging strand elongation / postreplication repair / silent mating-type cassette heterochromatin formation / mitotic sister chromatid cohesion / error-free translesion synthesis / DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / Dual incision in TC-NER / translesion synthesis / subtelomeric heterochromatin formation / mismatch repair / positive regulation of DNA repair / positive regulation of DNA replication / replication fork / nucleotide-excision repair / mitotic cell cycle / chromosome, telomeric region / DNA binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain ...Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / : / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Proliferating cell nuclear antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Krishna, T.S.R. / Kong, X.-P. / Gary, S. / Burgers, P.M. / Kuriyan, J.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1994
タイトル: Crystal structure of the eukaryotic DNA polymerase processivity factor PCNA.
著者: Krishna, T.S. / Kong, X.P. / Gary, S. / Burgers, P.M. / Kuriyan, J.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Crystallization of Proliferating Cell Nuclear Antigen (PCNA) from Saccharomyces Cerevisiae
著者: Krishna, T.S.R. / Kong, X.-P. / Gary, S. / Burgers, P. / Kuriyan, J.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Sliding Clamps of DNA Polymerases
著者: Kuriyan, J. / Donnell, M.
#3: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1992
タイトル: Three-Dimensional Structure of the Beta Subunit of E. Coli DNA Polymerase III Holoenzyme: A Sliding DNA Clamp
著者: Kong, X.-P. / Onrust, R. / Donnell, M. / Kuriyan, J.
履歴
登録1995年1月2日処理サイト: BNL
改定 1.01995年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月21日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROLIFERATING CELL NUCLEAR ANTIGEN (PCNA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3453
ポリマ－28,9441
非ポリマー4012
水2,108117
1
A: PROLIFERATING CELL NUCLEAR ANTIGEN (PCNA)
ヘテロ分子

A: PROLIFERATING CELL NUCLEAR ANTIGEN (PCNA)
ヘテロ分子

A: PROLIFERATING CELL NUCLEAR ANTIGEN (PCNA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,0369
ポリマ－86,8323
非ポリマー1,2046
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555z+1/2,-x+1/2,-y1
crystal symmetry operation12_554-y+1/2,-z,x-1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)121.200, 121.200, 121.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

#1: タンパク質 PROLIFERATING CELL NUCLEAR ANTIGEN (PCNA)


分子量: 28944.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: P15873
#2: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE STRUCTURE IS THAT OF THE MERCURY COMPLEX OF PCNA.
非ポリマーの詳細THE STRUCTURE IS OF THE MERCURY COMPLEX OF THE PROTEIN INVOLVING TWO MERCURY ATOMS PER MONOMER. THE ...THE STRUCTURE IS OF THE MERCURY COMPLEX OF THE PROTEIN INVOLVING TWO MERCURY ATOMS PER MONOMER. THE FIRST MERCURY ATOM CROSSLINKS THE SIDE CHAINS OF CYS 30 AND CYS 62 BY FORMING COVALENT BONDS WITH SULFUR ATOMS OF THESE CYS RESIDUES. THE SECOND MERCURY IS BOUND TO CYS 22.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 76 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: unknown / 詳細: Krishna, T.S.R., (1994) J.Mol.Biol., 241, 265.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mMTris-HCl11
21 mMEDTA11
31 mMDTT11
40.1 M11NaCl
520 mg/mlprotain12

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 26608 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(I): 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 30 Å / 冗長度: 11.3 % / Num. measured all: 300303 / Rmerge(I) obs: 0.089
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 2.34 Å / % possible obs: 92.7 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.3→5 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.187 --
obs0.187 22454 92.5 %
原子変位パラメータBiso mean: 34.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2030 0 2 117 2149
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.75
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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