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- PDB-1plo: TRANSFORMING GROWTH FACTOR-BETA TYPE II RECEPTOR EXTRACELLULAR DOMAIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1plo
タイトルTRANSFORMING GROWTH FACTOR-BETA TYPE II RECEPTOR EXTRACELLULAR DOMAIN
要素TGF-beta receptor type II
キーワードCytokine receptor / Three-Finger Toxin Fold
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of tolerance induction to self antigen / positive regulation of B cell tolerance induction / inferior endocardial cushion morphogenesis / bronchus morphogenesis / transforming growth factor beta receptor activity, type II / mammary gland morphogenesis / lens fiber cell apoptotic process / growth plate cartilage chondrocyte growth / tricuspid valve morphogenesis / TGFBR2 MSI Frameshift Mutants in Cancer ...positive regulation of tolerance induction to self antigen / positive regulation of B cell tolerance induction / inferior endocardial cushion morphogenesis / bronchus morphogenesis / transforming growth factor beta receptor activity, type II / mammary gland morphogenesis / lens fiber cell apoptotic process / growth plate cartilage chondrocyte growth / tricuspid valve morphogenesis / TGFBR2 MSI Frameshift Mutants in Cancer / miRNA transport / transforming growth factor beta ligand-receptor complex / aorta morphogenesis / type III transforming growth factor beta receptor binding / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / Langerhans cell differentiation / TGFBR2 Kinase Domain Mutants in Cancer / transforming growth factor beta receptor activity / cardiac left ventricle morphogenesis / secondary palate development / SMAD2/3 Phosphorylation Motif Mutants in Cancer / TGFBR1 KD Mutants in Cancer / endocardial cushion fusion / positive regulation of T cell tolerance induction / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / membranous septum morphogenesis / positive regulation of NK T cell differentiation / activin receptor complex / activin receptor activity, type I / lung lobe morphogenesis / receptor protein serine/threonine kinase / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / activin binding / regulation of stem cell proliferation / type I transforming growth factor beta receptor binding / SMAD protein signal transduction / myeloid dendritic cell differentiation / embryonic cranial skeleton morphogenesis / activin receptor signaling pathway / glycosaminoglycan binding / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / regulation of stem cell differentiation / outflow tract septum morphogenesis / response to cholesterol / transforming growth factor beta binding / kinase activator activity / aortic valve morphogenesis / lens development in camera-type eye / atrioventricular valve morphogenesis / embryonic hemopoiesis / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / artery morphogenesis / trachea formation / smoothened signaling pathway / branching involved in blood vessel morphogenesis / ventricular septum morphogenesis / blood vessel development / SMAD binding / heart looping / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / outflow tract morphogenesis / roof of mouth development / positive regulation of SMAD protein signal transduction / positive regulation of epithelial cell migration / epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / vasculogenesis / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / gastrulation / Notch signaling pathway / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / brain development / caveola / cellular response to growth factor stimulus / positive regulation of angiogenesis / UCH proteinases / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / nervous system development / regulation of cell population proliferation / regulation of gene expression / heart development / molecular adaptor activity / in utero embryonic development / receptor complex / nuclear body / membrane raft / response to xenobiotic stimulus / external side of plasma membrane / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / extracellular space / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transforming growth factor beta receptor 2 ectodomain / Transforming growth factor-beta receptor, type II / Transforming growth factor beta receptor 2 ectodomain / CD59 / CD59 / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase ...Transforming growth factor beta receptor 2 ectodomain / Transforming growth factor-beta receptor, type II / Transforming growth factor beta receptor 2 ectodomain / CD59 / CD59 / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TGF-beta receptor type-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / substructure distance geometry, full structure distance geometry-simulated annealing; torsion angle dynamics
データ登録者Deep, S. / Walker III, K.P. / Shu, Z. / Hinck, A.P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Solution structure and backbone dynamics of the TGF-beta type II receptor extracellular domain
著者: Deep, S. / Walker III, K.P. / Shu, Z. / Hinck, A.P.
履歴
登録2003年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TGF-beta receptor type II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8111
ポリマ－13,8111
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 50structures with acceptable covalent geometry, structures with favorable non-bond energy, structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1fewest violations, lowest energy

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要素

#1: タンパク質 TGF-beta receptor type II / TGFR-2 / TGF-beta type II receptor


分子量: 13810.606 Da / 分子数: 1 / 変異: N19A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFBR2 / プラスミド: pET32a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37173, EC: 2.7.1.37
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
2233D 13C-separated NOESY
2334D 13C-separated NOESY
1423D 15N edited, 13C-edited 1H-1H NOESY
1513D 15N-edited,15N-edited 1H-1H NOESY
3641H-15H 1-bond residual dipolar coupling (2D IPAP-HSQC)
37513C-13CO residual dipolar coupling (3D (HA)CA(CO)NH
38513Calpha-13CO residual dipolar coupling (3D Ca-coupled HNCO)
NMR実験の詳細Text: This structure was determined by refining simultaneously against NOE, J-coupling, dihedral angle, and residual dipolar coupling constraints

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM ecTbR2 U-15N, 25mM sodium acetate, 25mM NaCl, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
21mM ecTbR2 U-15N, 13C, 25mM sodium acetate, 25mM NaCl, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
31mM ecTbR2 U-15N, 13C, 25mM sodium acetate, 25mM NaCl, 99.99% D2O99.99% D2O
41mM ecTbR2 U-15N, 25mM sodium acetate, 25mM NaCl, 4% (w/v) 1,2-di-O-hexyl-sn-glycero-3-phosphocholine (6-O-PC) and 1,2-di-O-tetradecyl-sn-glycero-3-phosphocholine (14-O-PC) mixed in a molar ratio of 1:3, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
51mM ecTbR2 U-15N, 13C, 25mM sodium acetate, 25mM NaCl, 4% (w/v) 1,2-di-O-hexyl-sn-glycero-3-phosphocholine (6-O-PC) and 1,2-di-O-tetradecyl-sn-glycero-3-phosphocholine (14-O-PC) mixed in a molar ratio of 1:3, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
125mM sodium acetate, 25mM NaCl, pH 5.5 5.5ambient 300 K
225mM sodium acetate, 25mM NaCl 5.1ambient 300 K
325mM sodium acetate, 25mM NaCl 5.5ambient 313 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5002

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解析

NMR software名称: XPLOR_NIH / バージョン: 1.06
開発者: Clore, G.M., Kuszewski, J., Schwieters, C.D., Tjandra, N.
分類: 精密化
精密化手法: substructure distance geometry, full structure distance geometry-simulated annealing; torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: structures are based on a total of 1583 constraints, 1168 are NOE distance, 138 are dihedredral angle, 58 are 3JHNHa coupling constant, 219 are residual dipolar couplings,
代表構造選択基準: fewest violations, lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry, structures with favorable non-bond energy, structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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