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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pl9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of KDO8P synthase in its binary complex with substrate analog Z-FPEP | ||||||
![]() | 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / BETA-ALPHA-BARRELS / LYASE / LIPOPOLYSACCHARIDE / FLOURINATED ANALOG | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity / keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vainer, R. / Adir, N. / Baasov, T. / Belakhov, V. / Rabkin, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of KDO8P synthase in its binary complex with substrate analog Z-FPEP 著者: Vainer, R. / Adir, N. / Baasov, T. / Belakhov, V. / Rabkin, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 66 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 49 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 434.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 454.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1d9eS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN. The biological assembly is a tetramer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: x,y,z; -x,-y,z; -x,y,-z; x,y,-z; |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30870.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A715, 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase |
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#2: 化合物 | ChemComp-FPE / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.15 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: EG 4000, Glycrol, Tris-HCl , pH 7.4 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294 K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月10日 |
放射 | モノクロメーター: triangular mono chromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 6712 / Num. obs: 6309 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rsym value: 0.98 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.89 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.14 / % possible all: 96.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1D9E (a) 解像度: 2.9→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→3 Å /
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