[日本語] English
万見
- PDB-1pkt: STRUCTURE OF THE PI3K SH3 DOMAIN AND ANALYSIS OF THE SH3 FAMILY -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pkt
タイトルSTRUCTURE OF THE PI3K SH3 DOMAIN AND ANALYSIS OF THE SH3 FAMILY
要素PHOSPHATIDYLINOSITOL 3-KINASE P85-ALPHA SUBUNIT SH3 DOMAIN
キーワードPHOSPHOTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


perinuclear endoplasmic reticulum membrane / regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / phosphatidylinositol kinase activity / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / IRS-mediated signalling / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / T follicular helper cell differentiation / interleukin-18-mediated signaling pathway ...perinuclear endoplasmic reticulum membrane / regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / phosphatidylinositol kinase activity / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / IRS-mediated signalling / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / T follicular helper cell differentiation / interleukin-18-mediated signaling pathway / PI3K events in ERBB4 signaling / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / myeloid leukocyte migration / neurotrophin TRKA receptor binding / positive regulation of focal adhesion disassembly / Activated NTRK2 signals through PI3K / cis-Golgi network / Activated NTRK3 signals through PI3K / ErbB-3 class receptor binding / phosphatidylinositol 3-kinase complex / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / negative regulation of stress fiber assembly / Co-stimulation by ICOS / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / RHOD GTPase cycle / Nephrin family interactions / RHOF GTPase cycle / Signaling by LTK in cancer / Signaling by LTK / kinase activator activity / positive regulation of leukocyte migration / RND1 GTPase cycle / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / RND2 GTPase cycle / PI3K/AKT activation / MET activates PI3K/AKT signaling / positive regulation of filopodium assembly / RND3 GTPase cycle / growth hormone receptor signaling pathway / insulin binding / Signaling by ALK / RHOV GTPase cycle / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / RHOB GTPase cycle / PI-3K cascade:FGFR3 / natural killer cell mediated cytotoxicity / GP1b-IX-V activation signalling / PI-3K cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR1 / RHOC GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / negative regulation of osteoclast differentiation / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / RHOU GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RET signaling / insulin receptor substrate binding / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / T cell differentiation / PI3K events in ERBB2 signaling / PI3K Cascade / RHOG GTPase cycle / negative regulation of cell-matrix adhesion / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / Interleukin receptor SHC signaling / Role of phospholipids in phagocytosis / GAB1 signalosome / enzyme-substrate adaptor activity / phosphatidylinositol 3-kinase binding / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / GPVI-mediated activation cascade / positive regulation of lamellipodium assembly / Signaling by FGFR4 in disease / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / insulin-like growth factor receptor binding / Signaling by FGFR3 in disease / phosphotyrosine residue binding / Tie2 Signaling / RAC1 GTPase cycle / Signaling by FGFR2 in disease / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Signaling by FGFR1 in disease / substrate adhesion-dependent cell spreading / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / Downstream signal transduction / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / osteoclast differentiation / Interleukin-7 signaling / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / intracellular glucose homeostasis / B cell differentiation
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, SH3 domain / PIK3R1, inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases ...Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, SH3 domain / PIK3R1, inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Rho GTPase activation protein / SH3 Domains / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH3 type barrels. / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
データ登録者Koyama, S. / Yu, H. / Dalgarno, D.C. / Shin, T.B. / Zydowsky, L.D. / Schreiber, S.L.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1993
タイトル: Structure of the PI3K SH3 domain and analysis of the SH3 family.
著者: Koyama, S. / Yu, H. / Dalgarno, D.C. / Shin, T.B. / Zydowsky, L.D. / Schreiber, S.L.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1993
タイトル: 1H and 15N Assignments and Secondary Structure of the Pi3L SH3 Domain
著者: Koyama, S. / Yu, H. / Dalgarno, D.C. / Shin, T.B. / Zydowsky, L.D. / Schreiber, S.L.
履歴
登録1994年3月7日処理サイト: BNL
改定 1.01994年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PHOSPHATIDYLINOSITOL 3-KINASE P85-ALPHA SUBUNIT SH3 DOMAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9781
ポリマ－8,9781
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / -
代表モデル

-
要素

#1: タンパク質 PHOSPHATIDYLINOSITOL 3-KINASE P85-ALPHA SUBUNIT SH3 DOMAIN


分子量: 8977.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P27986, phosphatidylinositol 3-kinase

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
NMR software名称: X-PLOR / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 30

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る