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- PDB-1pkq: Myelin Oligodendrocyte Glycoprotein-(8-18C5) Fab-complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pkq
タイトルMyelin Oligodendrocyte Glycoprotein-(8-18C5) Fab-complex
要素
  • (8-18C5) chimeric Fab, heavy chain
  • (8-18C5) chimeric Fab, light chain
  • Myelin Oligodendrocyte Glycoprotein
キーワードIMMUNE SYSTEM / autoantibody / multiple sclerosis / EAE
機能・相同性
機能・相同性情報


response to folic acid / response to lipid / regulation of cytokine production / T cell receptor signaling pathway / cell adhesion / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / cell surface
類似検索 - 分子機能
Myelin-oligodendrocyte glycoprotein / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins ...Myelin-oligodendrocyte glycoprotein / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Myelin-oligodendrocyte glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Breithaupt, C. / Schubart, A. / Zander, H. / Skerra, A. / Huber, R. / Linington, C. / Jacob, U.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: Structural insights into the antigenicity of myelin oligodendrocyte glycoprotein
著者: Breithaupt, C. / Schubart, A. / Zander, H. / Skerra, A. / Huber, R. / Linington, C. / Jacob, U.
履歴
登録2003年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: (8-18C5) chimeric Fab, light chain
B: (8-18C5) chimeric Fab, heavy chain
E: Myelin Oligodendrocyte Glycoprotein
F: (8-18C5) chimeric Fab, light chain
G: (8-18C5) chimeric Fab, heavy chain
J: Myelin Oligodendrocyte Glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,5326
ポリマ－137,5326
非ポリマー00
水1,53185
1
A: (8-18C5) chimeric Fab, light chain
B: (8-18C5) chimeric Fab, heavy chain
E: Myelin Oligodendrocyte Glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7663
ポリマ－68,7663
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: (8-18C5) chimeric Fab, light chain
G: (8-18C5) chimeric Fab, heavy chain
J: Myelin Oligodendrocyte Glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7663
ポリマ－68,7663
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)124.480, 40.000, 134.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.75, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 (8-18C5) chimeric Fab, light chain


分子量: 26154.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ig light chain / プラスミド: pASK107 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 (8-18C5) chimeric Fab, heavy chain


分子量: 26683.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ig heavy chain / プラスミド: pASK107 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 Myelin Oligodendrocyte Glycoprotein


分子量: 15928.754 Da / 分子数: 2 / Fragment: N-terminal Ig domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: MOG / プラスミド: pQE12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q63345
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.55 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Tris/HCl, MOPS, NaCl, PEG8000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
13.5 mg/mlprotein1drop
25 mMMOPS1droppH7.5
350 mM1dropNaCl
4100 mMTris-HCl1reservoirpH8.5
514 %PEG80001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月10日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal, non dispersive
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→18 Å / Num. obs: 22442 / % possible obs: 86.7 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 69.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 3→3.09 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.351 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1590 / % possible all: 73
反射
*PLUS
Num. obs: 22490
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 3.1 Å / % possible obs: 73 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE& BEAST位相決定
CNS精密化
BEAST位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→18 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.319 1091 -random
Rwork0.25 ---
all-22437 --
obs-21346 86 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8432 0 0 85 8517
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.66
LS精密化 シェル解像度: 3→3.05 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.387 38
Rwork0.351 -
obs-923
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.25
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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