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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pkh
タイトルSTRUCTURAL BASIS FOR RECOGNITION AND CATALYSIS BY THE BIFUNCTIONAL DCTP DEAMINASE AND DUTPASE FROM METHANOCOCCUS JANNASCHII
要素Bifunctional deaminase/diphosphatase
キーワードHYDROLASE / DCTP DEAMINASE / DUTPASE / DCD-DUT / MJ0430 / DCTP / DUTP
機能・相同性
機能・相同性情報


dCTP deaminase (dUMP-forming) / dCTP deaminase (dUMP-forming) activity / dUTP biosynthetic process / dCTP deaminase activity / dUMP biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
dCTP deaminase / dCTP deaminase-like / Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase) / Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
dCTP deaminase, dUMP-forming
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Huffman, J.L. / Li, H. / White, R.H. / Tainer, J.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structural basis for recognition and catalysis by the bifunctional dCTP deaminase and dUTPase from Methanococcus jannaschii
著者: Huffman, J.L. / Li, H. / White, R.H. / Tainer, J.A.
履歴
登録2003年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional deaminase/diphosphatase
B: Bifunctional deaminase/diphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,48211
ポリマ－46,9242
非ポリマー5599
水6,503361
1
A: Bifunctional deaminase/diphosphatase
ヘテロ分子

A: Bifunctional deaminase/diphosphatase
ヘテロ分子

A: Bifunctional deaminase/diphosphatase
ヘテロ分子

B: Bifunctional deaminase/diphosphatase
ヘテロ分子

B: Bifunctional deaminase/diphosphatase
ヘテロ分子

B: Bifunctional deaminase/diphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,44733
ポリマ－140,7716
非ポリマー1,67627
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_564-z+1/2,-x+1,y-1/21
crystal symmetry operation10_655-y+1,z+1/2,-x+1/21
crystal symmetry operation3_645-x+1,y-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation5_554z,x,y-11
crystal symmetry operation12_664-y+3/2,-z+1,x-1/21
Buried area23230 Å2
ΔGint-133.1 kcal/mol
Surface area41290 Å2
手法PISA
2
A: Bifunctional deaminase/diphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6484
ポリマ－23,4621
非ポリマー1863
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
B: Bifunctional deaminase/diphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8347
ポリマ－23,4621
非ポリマー3726
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)110.700, 110.700, 110.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-212-

HOH

21A-288-

HOH

31A-369-

HOH

41B-225-

HOH

51B-271-

HOH

61B-469-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Bifunctional deaminase/diphosphatase / MjDCD-DUT / DCD/DUT


分子量: 23461.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: MJ0430 / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: Q57872, dCTP deaminase, dUTP diphosphatase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: nanopure water, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
110-20 mg/mlprotein1drop
2150 mM1reservoirNaCl
32 mMdithiothreitol1reservoir
450 mMsodium HEPES1reservoirpH7.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.98 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月16日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→45 Å / Num. obs: 84993 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 56.3
反射 シェル解像度: 1.42→1.47 Å / Rmerge(I) obs: 0.358 / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / Rsym value: 0.358 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. measured all: 655273
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.42→45 Å / Num. parameters: 13127 / Num. restraintsaints: 11979 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2028 4251 5.3 %RANDOM
Rwork0.1853 ---
obs0.186 80707 99.8 %-
all-80707 --
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 2914 / Occupancy sum non hydrogen: 3278.81
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.42→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2886 0 36 361 3283
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.028
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0314
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.06
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.067
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.067
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 45 Å / Rfactor Rfree: 0.22 / Rfactor Rwork: 0.199
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.031
X-RAY DIFFRACTIONs_chiral_restr0.06

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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