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万見
- PDB-1pkg: Structure of a c-Kit Kinase Product Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pkg
タイトルStructure of a c-Kit Kinase Product Complex
要素c-kit protein
キーワードTRANSFERASE ACTIVATOR / kinase / autophosphorylation / transactivation
機能・相同性
機能・相同性情報


Dasatinib-resistant KIT mutants / Imatinib-resistant KIT mutants / KIT mutants bind TKIs / Masitinib-resistant KIT mutants / Nilotinib-resistant KIT mutants / Regorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by kinase domain mutants of KIT / Sunitinib-resistant KIT mutants / Signaling by juxtamembrane domain KIT mutants / Sorafenib-resistant KIT mutants ...Dasatinib-resistant KIT mutants / Imatinib-resistant KIT mutants / KIT mutants bind TKIs / Masitinib-resistant KIT mutants / Nilotinib-resistant KIT mutants / Regorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by kinase domain mutants of KIT / Sunitinib-resistant KIT mutants / Signaling by juxtamembrane domain KIT mutants / Sorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by extracellular domain mutants of KIT / hematopoietic stem cell migration / melanocyte adhesion / positive regulation of pyloric antrum smooth muscle contraction / positive regulation of colon smooth muscle contraction / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / melanocyte migration / Kit signaling pathway / positive regulation of small intestine smooth muscle contraction / regulation of bile acid metabolic process / positive regulation of dendritic cell cytokine production / positive regulation of mast cell proliferation / mast cell differentiation / mast cell chemotaxis / Fc receptor signaling pathway / glycosphingolipid metabolic process / mast cell proliferation / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / positive regulation of pseudopodium assembly / immature B cell differentiation / positive regulation of mast cell cytokine production / lymphoid progenitor cell differentiation / melanocyte differentiation / germ cell migration / erythropoietin-mediated signaling pathway / myeloid progenitor cell differentiation / digestive tract development / negative regulation of programmed cell death / lamellipodium assembly / embryonic hemopoiesis / tongue development / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / Regulation of KIT signaling / megakaryocyte development / mast cell degranulation / pigmentation / stem cell population maintenance / positive regulation of Notch signaling pathway / growth factor binding / cytokine binding / spermatid development / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / hemopoiesis / somatic stem cell population maintenance / T cell differentiation / ectopic germ cell programmed cell death / hematopoietic progenitor cell differentiation / response to cadmium ion / ovarian follicle development / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / B cell differentiation / SH2 domain binding / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / acrosomal vesicle / erythrocyte differentiation / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / epithelial cell proliferation / cell chemotaxis / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / stem cell differentiation / placental growth factor receptor activity / Signaling by SCF-KIT / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / cytokine-mediated signaling pathway / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / visual learning / cytoplasmic side of plasma membrane / fibrillar center / male gonad development / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / cell-cell junction / cell migration
類似検索 - 分子機能
Mast/stem cell growth factor receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain ...Mast/stem cell growth factor receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Immunoglobulin-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Mast/stem cell growth factor receptor Kit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Mol, C.D. / Lim, K.B. / Sridhar, V. / Zou, H. / Chien, E.Y.T. / Sang, B.-C. / Nowakowski, J. / Kassel, D.B. / Cronin, C.N. / McRee, D.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Structure of a c-Kit Product Complex Reveals the Basis for Kinase Transactivation.
著者: Mol, C.D. / Lim, K.B. / Sridhar, V. / Zou, H. / Chien, E.Y.T. / Sang, B.-C. / Nowakowski, J. / Kassel, D.B. / Cronin, C.N. / McRee, D.E.
履歴
登録2003年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年8月9日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE C-KIT IS A TYPE III RECEPTOR PROTEIN TYROSINE KINASE WITH A "SPLIT" KINASE DOMAIN, I.E. ...SEQUENCE C-KIT IS A TYPE III RECEPTOR PROTEIN TYROSINE KINASE WITH A "SPLIT" KINASE DOMAIN, I.E. THE TWO CONSERVED KINASE DOMAINS ARE INTERRUPTED BY A LARGE NON-CONSERVED INSERTION CALLED THE KINASE INSERTION DOMAIN (KID). IN THE CONSTRUCT THE KID RESIDUES 694-753 WERE DELETED AND REPLACED WITH TWO VECTOR RESIDUES (THR-SER).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: c-kit protein
B: c-kit protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0096
ポリマ－75,1062
非ポリマー9034
水543
1
A: c-kit protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0053
ポリマ－37,5531
非ポリマー4522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: c-kit protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0053
ポリマ－37,5531
非ポリマー4522
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
A: c-kit protein
B: c-kit protein
ヘテロ分子

A: c-kit protein
B: c-kit protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,01912
ポリマ－150,2134
非ポリマー1,8068
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area10810 Å2
ΔGint-156 kcal/mol
Surface area50440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.667, 116.458, 60.066
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 c-kit protein


分子量: 37553.188 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P10721
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.97 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: PEG, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
pH: 7.9 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
16 mg/mlenzyme1drop
2150 mM1dropNaCl
325 mMTris1droppH7.9
42.5 mMATP1drop
55 mM1dropMgCl2
618 %PEG80001reservoir
70.1 MMES1reservoirpH7.1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 14652
反射
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / % possible obs: 97 % / Num. measured all: 49361 / Rmerge(I) obs: 0.072
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 3 Å / Rmerge(I) obs: 0.424 / Mean I/σ(I) obs: 3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.834 / SU B: 24.258 / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.544 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31129 709 5 %RANDOM
Rwork0.22451 ---
all0.22874 ---
obs0.22874 13437 97.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.956 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.65 Å20 Å20 Å2
2--2.5 Å20 Å2
3----0.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4560 0 56 3 4619
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0224730
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.611.9836412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4655566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2698
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023484
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2380.22343
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1850.2149
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2510.291
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2310.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4491.52843
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8824578
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.39831887
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3564.51834
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.969 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.439 59
Rwork0.323 914
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.8135-3.4426-0.58334.43443.09772.98470.03280.2017-0.2007-0.2122-0.14090.2736-0.1022-0.13920.10820.11080.0006-0.0130.17950.02260.188216.029317.706424.637
25.21751.8901-1.0465.2975-0.32792.60070.0004-0.2282-0.2072-0.0432-0.0353-0.0434-0.09560.19610.03490.03570.0431-0.03090.0884-0.01570.039538.689521.509428.5596
38.6002-3.9066-4.56362.54922.40014.69970.1497-0.0960.2543-0.1603-0.1254-0.0556-0.1539-0.0537-0.02430.2654-0.0132-0.03770.17950.09610.131553.26121.251-0.5327
45.999-1.4950.00467.0316-1.50744.2460.02550.1827-0.0972-0.60670.0612-0.7110.19670.2305-0.08680.23080.03580.10210.18770.07530.173474.58134.1613-6.0469
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA567 - 67519 - 127
2X-RAY DIFFRACTION2AA676 - 927128 - 321
3X-RAY DIFFRACTION3BB566 - 67518 - 127
4X-RAY DIFFRACTION4BB676 - 929128 - 323
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 10 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.31 / Rfactor Rwork: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.61
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 3 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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