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- PDB-1pk5: Crystal structure of the orphan nuclear receptor LRH-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pk5
タイトルCrystal structure of the orphan nuclear receptor LRH-1
要素Orphan nuclear receptor NR5A2
キーワードGENE REGULATION / nuclear receptor / ligand-binding domain / LRH-1
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / pancreas morphogenesis / calcineurin-mediated signaling / acinar cell differentiation / tissue development / bile acid metabolic process / positive regulation of viral genome replication / hormone-mediated signaling pathway / cellular response to leukemia inhibitory factor ...SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / pancreas morphogenesis / calcineurin-mediated signaling / acinar cell differentiation / tissue development / bile acid metabolic process / positive regulation of viral genome replication / hormone-mediated signaling pathway / cellular response to leukemia inhibitory factor / transcription coregulator binding / cholesterol homeostasis / phospholipid binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / regulation of cell population proliferation / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear hormone receptor family 5 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain ...Nuclear hormone receptor family 5 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Sablin, E.P. / Krylova, I.N. / Fletterick, R.J. / Ingraham, H.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2003
タイトル: Structural basis for ligand-independent activation of the orphan nuclear receptor LRH-1
著者: Sablin, E.P. / Krylova, I.N. / Fletterick, R.J. / Ingraham, H.A.
履歴
登録2003年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE Author maintains residue I525 in sequence database should be L525

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Orphan nuclear receptor NR5A2
B: Orphan nuclear receptor NR5A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4642
ポリマ－57,4642
非ポリマー00
水2,846158
1
A: Orphan nuclear receptor NR5A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7321
ポリマ－28,7321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Orphan nuclear receptor NR5A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7321
ポリマ－28,7321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.775, 127.542, 53.213
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Orphan nuclear receptor NR5A2 / Liver receptor homolog / LRH-1


分子量: 28731.969 Da / 分子数: 2 / 断片: LRH-1 LBD / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: NR5A2 OR LRH1 / プラスミド: pBHI-pf1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P45448
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: PEG 4000, glycerol, TRIS, isopropanol, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
結晶化
*PLUS
温度: 15 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
16 mg/mlprotein1drop
215 %glycerol1reservoir
321 %PEG40001reservoir
4100 mMTris1reservoirpH8.8
55 %isopropanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月26日 / 詳細: KOHZU: DOUBLE CRYSTAL SI(III)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→25 Å / Num. all: 18102 / Num. obs: 17939 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 45.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 24.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.169 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / Rsym value: 0.169 / % possible all: 97.1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / Num. obs: 17954 / % possible obs: 98.2 %
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 2.5 Å / % possible obs: 88.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: RXR ALPHA (PDB ID 1FBY)

1fby


解像度: 2.4→24.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 693 3.9 %RANDOM
Rwork0.208 ---
all0.215 18102 --
obs0.208 17939 99.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.3806 Å2 / ksol: 0.355359 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 48.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.18 Å20 Å2-9.52 Å2
2---6.21 Å20 Å2
3---11.39 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.33 Å / Luzzati sigma a free: 0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→24.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3893 0 0 158 4051
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.22
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.412
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.562
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.172.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 114 -
Rwork0.243 2922 -
obs-2922 97.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.231 / Rfactor Rwork: 0.213
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.57
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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