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- PDB-1pjv: Cobatoxin 1 from Centruroides noxius Scorpion venom: Chemical Syn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pjv
タイトルCobatoxin 1 from Centruroides noxius Scorpion venom: Chemical Synthesis, 3-D Structure in Solution, Pharmacology and Docking on K+ channels
要素Cobatoxin 1
キーワードTOXIN / COBATOXIN 1 / SCORPION TOXIN / CENTUROIDES NOXIUS / K+ channel / chemical synthesis / 3-D structure / 1H-NMR spectroscopy / Circular Dichroism / Molecular modeling / Docking experiment
機能・相同性Scorpion short toxins signature. / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Potassium channel toxin alpha-KTx 10.1
機能・相同性情報
手法溶液NMR / distance geometry calculation, CNS refinement
データ登録者Mosbah, A. / Jouirou, B. / Visan, V. / Grissmer, S. / El Ayeb, M. / Rochat, H. / De Waard, M. / Mabrouk, K. / Sabatier, J.M.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2004
タイトル: Cobatoxin 1 from Centruroides noxius scorpion venom: chemical synthesis, three-dimensional structure in solution, pharmacology and docking on K+ channels.
著者: Jouirou, B. / Mosbah, A. / Visan, V. / Grissmer, S. / M'Barek, S. / Fajloun, Z. / Van Rietschoten, J. / Devaux, C. / Rochat, H. / Lippens, G. / El Ayeb, M. / De Waard, M. / Mabrouk, K. / Sabatier, J.M.
履歴
登録2003年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cobatoxin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,7461
ポリマ－3,7461
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50back calculated data agree with experimental NOESY spectrum, structures with acceptable covalent geometry, structures with favorable non-bond energy, structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
代表モデルモデル #1closest to the average, fewest violations, lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Cobatoxin 1 / CoTx1 / gtIX


分子量: 3746.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: THE PROTEIN WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THE PROTEIN IS NATURALLY FOUND IN Centruroides noxius (Mexican scorpion)
参照: UniProt: O46028
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
131DQF-COSY
1412D NOESY
1512D TOCSY
161DQF-COSY

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試料調製

詳細内容: 2mM Cobatoxin 1; 90% H2O, 10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
13.1ambient 300 K
23.1ambient 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1

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解析

NMR software
名称分類
XwinNMRcollection
NMRPipe解析
XEASYデータ解析
DIANA構造決定
CNS精密化
Turbo-Frodo構造決定
MOLMOL構造決定
精密化手法: distance geometry calculation, CNS refinement / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average, fewest violations, lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum, structures with acceptable covalent geometry, structures with favorable non-bond energy, structures ...コンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum, structures with acceptable covalent geometry, structures with favorable non-bond energy, structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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