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- PDB-1pjh: Structural studies on delta3-delta2-enoyl-CoA isomerase: the vari... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pjh
タイトルStructural studies on delta3-delta2-enoyl-CoA isomerase: the variable mode of assembly of the trimeric disks of the crotonase superfamily
要素enoyl-CoA isomerase; Eci1p
キーワードISOMERASE / beta-beta-alpha spiral fold / inter-trimer contacts
機能・相同性
機能・相同性情報


Beta-oxidation of very long chain fatty acids / Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase / delta(3)-delta(2)-enoyl-CoA isomerase activity / Peroxisomal protein import / fatty acid beta-oxidation / peroxisomal matrix / peroxisome
類似検索 - 分子機能
: / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,2-trans-enoyl-CoA isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Mursula, A.M. / Hiltunen, J.K. / Wierenga, R.K.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2004
タイトル: Structural studies on delta(3)-delta(2)-enoyl-CoA isomerase: the variable mode of assembly of the trimeric disks of the crotonase superfamily.
著者: Mursula, A.M. / Hiltunen, J.K. / Wierenga, R.K.
履歴
登録2003年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: enoyl-CoA isomerase; Eci1p
B: enoyl-CoA isomerase; Eci1p
C: enoyl-CoA isomerase; Eci1p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,48417
ポリマ－95,1553
非ポリマー1,32914
水6,882382
1
A: enoyl-CoA isomerase; Eci1p
B: enoyl-CoA isomerase; Eci1p
C: enoyl-CoA isomerase; Eci1p
ヘテロ分子

A: enoyl-CoA isomerase; Eci1p
B: enoyl-CoA isomerase; Eci1p
C: enoyl-CoA isomerase; Eci1p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,96834
ポリマ－190,3106
非ポリマー2,65828
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_556-y,-x,-z+3/21
Buried area28210 Å2
ΔGint-463 kcal/mol
Surface area51420 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)116.243, 116.243, 216.287
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 enoyl-CoA isomerase; Eci1p


分子量: 31718.369 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ECI1 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21pLYS(S) / 参照: UniProt: Q05871, Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.95 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: ADA/NaOH, magnesium sulphate, ammonium sulphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
温度: 295 K / pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
12.5 mg/mlprotein1drop
220 mMpotassium phosphate1droppH7.2
3450 mM1dropKCl
41 mMEDTA1drop
51 mMEGTA1drop
60.5 mMbenzamidine HCl1drop
70.1 MADA1reservoirpH7.0
80.1 M1reservoirMgSO4
91.7-2.2 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.801 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月10日
放射モノクロメーター: triangular monochromator and bent mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 86026 / Num. obs: 86026 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 37.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 28.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.199 / Mean I/σ(I) obs: 10.5 / Num. unique all: 10418 / % possible all: 93.4
反射
*PLUS
冗長度: 8 % / Num. measured all: 690091 / Rmerge(I) obs: 0.04
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
XDSデータ削減
AMoRE位相決定
REFMAC5精密化
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HNU

1hnu


解像度: 2.1→20 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.189 4277 inherit from previous structure
Rwork0.168 --
all0.168 86026 -
obs0.168 86026 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6186 0 74 382 6642
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.21
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 81748 / Num. reflection Rfree: 4278
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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