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- PDB-1pjd: Structure and Topology of a Peptide Segment of the 6th Transmembr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pjd
タイトルStructure and Topology of a Peptide Segment of the 6th Transmembrane Domain of the Saccharomyces cerevisiae alpha-Factor Receptor in Phospholipid Bilayers
要素Pheromone alpha factor receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ALPHA HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


mating-type alpha-factor pheromone receptor activity / cytogamy / mating-type factor pheromone receptor activity / G protein-coupled receptor homodimeric complex / response to pheromone / pheromone-dependent signal transduction involved in conjugation with cellular fusion / membrane => GO:0016020 / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR fungal pheromone mating factor, STE2 / Pheromone alpha factor receptor, double transmembrane domain superfamily / Fungal pheromone mating factor STE2 GPCR
類似検索 - ドメイン・相同性
Pheromone alpha factor receptor / Pheromone alpha factor receptor
類似検索 - 構成要素
手法個体NMR / Direct structural fitting of 2D solid-state NMR spectra
データ登録者Valentine, K.G. / Liu, S.-F. / Marassi, F.M. / Veglia, G. / Nevzorov, A.A. / Opella, S.J. / Ding, F.-X. / Wang, S.-H. / Arshava, B. / Becker, J.M. / Naider, F.
引用ジャーナル: Biopolymers / 年: 2001
タイトル: Structure and Topology of a Peptide Segment of the 6th Transmembrane Domain of the Saccharomyces cerevisiae alpha-Factor Receptor in Phospholipid Bilayers
著者: Valentine, K.G. / Liu, S.-F. / Marassi, F.M. / Veglia, G. / Opella, S.J. / Ding, F.-X. / Wang, S.-H. / Arshava, B. / Becker, J.M. / Naider, F.
履歴
登録2003年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_remark ...database_2 / pdbx_database_remark / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_remark.text / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 215NMR STUDY THE COORDINATES IN THIS ENTRY WERE GENERATED FROM SOLID- STATE NMR DATA. PROTEIN DATA ...NMR STUDY THE COORDINATES IN THIS ENTRY WERE GENERATED FROM SOLID- STATE NMR DATA. PROTEIN DATA BANK CONVENTIONS REQUIRE THAT CRYST1 AND SCALE RECORDS BE INCLUDED, BUT THE VALUES ON THESE RECORDS ARE MEANINGLESS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pheromone alpha factor receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,9771
ポリマ－1,9771
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 100
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Pheromone alpha factor receptor


分子量: 1977.411 Da / 分子数: 1 / 変異: C252A / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence occurs naturally in a portion of the 6th transmembrane domain of the alpha factor receptor of Saccharomyces cerevisiae. 15N selectively labeled Fmoc-Leu, -Ala, -Phe, -Val, -Ile were used.
参照: UniProt: P06842, UniProt: D6VTK4*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験タイプ: PISEMA
NMR実験の詳細Text: PISEMA: Polarization Inversion Spin Exchange at the Magic Angle

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試料調製

詳細内容: Aligned sample on glass plates
試料状態pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 278 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Home-built Magnex / 製造業者: Home-built / モデル: Magnex / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Felix97Accelrys解析
Sructural Fitting1Nevzorov, Opella構造決定
Sructural Fitting1Nevzorov, Opella精密化
精密化手法: Direct structural fitting of 2D solid-state NMR spectra
ソフトェア番号: 1
詳細: This structure was calculated by using a structural fitting algorithm that finds torsion angles between consecutive residues based on their NMR frequencies.
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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