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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pix | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the carboxyltransferase subunit of the bacterial ion pump glutaconyl-coenzyme A decarboxylase | ||||||
要素 | Glutaconyl-CoA decarboxylase A subunit | ||||||
キーワード | LYASE / decarboxylase / biotin-dependent ion pump / carboxyltransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glutaconyl-CoA decarboxylase / glutaconyl-CoA decarboxylase activity / decarboxylation-driven active transmembrane transporter activity / glutamate catabolic process via 2-hydroxyglutarate / sodium ion transport / ligase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Acidaminococcus fermentans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Wendt, K.S. / Schall, I. / Huber, R. / Buckel, W. / Jacob, U. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2003 タイトル: Crystal structure of the carboxyltransferase subunit of the bacterial sodium ion pump glutaconyl-coenzyme A decarboxylase 著者: Wendt, K.S. / Schall, I. / Huber, R. / Buckel, W. / Jacob, U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1pix.cif.gz | 245.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1pix.ent.gz | 197.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1pix.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/1pix ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/1pix | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is generated by the two monomers in the asymmetric unit |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64423.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acidaminococcus fermentans (バクテリア) 遺伝子: GCDA / プラスミド: pJF118HE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: Q06700, EC: 4.1.1.70 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-FMT / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.26 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.7 詳細: acetate buffer, sodium formate, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.05 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 96752 / Num. obs: 95460 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.069 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.21 Å / Rmerge(I) obs: 0.069 / Mean I/σ(I) obs: 13.7 / % possible all: 98.7 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / % possible obs: 99.1 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / % reflection Rfree: 5 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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