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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1phq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of KDO8P synthase in its binary complex with substrate analog E-FPEP | ||||||
要素 | 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / BETA-ALPHA-BARRELS / LYASE / LIPOPOLYSACCHARIDE / FLUORINATED ANALOG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity / keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Vainer, R. / Adir, N. / Baasov, T. / Belakhov, V. / Rabkin, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystallographic Analysis of the Phosphoenol Pyruvate Binding Site in E. Coli KDO8P Synthase 著者: Vainer, R. / Adir, N. / Baasov, T. / Belakhov, V. / Rabkin, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1phq.cif.gz | 66.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1phq.ent.gz | 49 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1phq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/1phq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/1phq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1d9eS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN. The biological assembly is a tetramer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: x,y,z; -x,-y,z; -x,y,-z; x,y,-z; |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30870.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: KDSA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0A715, 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase |
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#2: 化合物 | ChemComp-FPE / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.2 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: PEG 4000, Glycrol, Tris-HCl , pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293 K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.81 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月18日 / 詳細: Bent mirror |
放射 | モノクロメーター: Triangular monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.81 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→20 Å / Num. all: 7610 / Num. obs: 6714 / % possible obs: 88.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 13.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.246 / Mean I/σ(I) obs: 91 / Num. unique all: 679 / Rsym value: 0.206 / % possible all: 91 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1D9E (a) 解像度: 2.7→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.82 Å /
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