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- PDB-1pg7: Murine 6A6 Fab in complex with humanized anti-Tissue Factor D3H44 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pg7
タイトルMurine 6A6 Fab in complex with humanized anti-Tissue Factor D3H44 Fab
要素
  • (humanized antibody D3H44) x 2
  • (murine antibody 6A6 Fab fragment) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


Fc-gamma receptor I complex binding / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / complement activation, classical pathway ...Fc-gamma receptor I complex binding / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / complement activation, classical pathway / Role of phospholipids in phagocytosis / antigen binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Regulation of Complement cascade / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / blood microparticle / adaptive immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Anti-human Langerin 2G3 lambda chain / Immunoglobulin heavy constant gamma 1 / Ig gamma-2A chain C region, A allele / Ig-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Eigenbrot, C. / Meng, Y.G. / Krishnamurthy, R. / Lipari, M.T. / Presta, L. / Devaux, B. / Wong, T. / Moran, P. / Bullens, S. / Kirchhofer, D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structural insight into how an anti-idiotypic antibody against D3H44 (anti-tissue factor antibody) restores normal coagulation.
著者: Eigenbrot, C. / Meng, Y.G. / Krishnamurthy, R. / Lipari, M.T. / Presta, L. / Devaux, B. / Wong, T. / Moran, P. / Bullens, S. / Kirchhofer, D.
履歴
登録2003年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年2月5日Group: Source and taxonomy
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 600HETEROGEN SOLVENT ATOMS NUMBERED 1 - 125 ARE ASSOCIATED WITH CHAINS L, H, W, AND/OR X. SOLVENT ...HETEROGEN SOLVENT ATOMS NUMBERED 1 - 125 ARE ASSOCIATED WITH CHAINS L, H, W, AND/OR X. SOLVENT ATOMS NUMBERED 601 - 749 ARE WITH CHAINS M, I, Y AND/OR Z.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: humanized antibody D3H44
I: humanized antibody D3H44
L: humanized antibody D3H44
M: humanized antibody D3H44
W: murine antibody 6A6 Fab fragment
X: murine antibody 6A6 Fab fragment
Y: murine antibody 6A6 Fab fragment
Z: murine antibody 6A6 Fab fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,7158
ポリマ－185,7158
非ポリマー00
水4,936274
1
H: humanized antibody D3H44
L: humanized antibody D3H44
W: murine antibody 6A6 Fab fragment
X: murine antibody 6A6 Fab fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,8574
ポリマ－92,8574
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9220 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area37280 Å2
手法PISA
2
I: humanized antibody D3H44
M: humanized antibody D3H44
Y: murine antibody 6A6 Fab fragment
Z: murine antibody 6A6 Fab fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,8574
ポリマ－92,8574
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9200 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area37470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.890, 85.780, 92.370
Angle α, β, γ (deg.)77.48, 75.92, 63.33
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体 humanized antibody D3H44


分子量: 23139.779 Da / 分子数: 2 / 断片: antigen-binding fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 15216020, UniProt: P01857*PLUS
#2: 抗体 humanized antibody D3H44


分子量: 23419.965 Da / 分子数: 2 / 断片: antigen-binding fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 15216022, UniProt: Q7Z3Y4*PLUS
#3: 抗体 murine antibody 6A6 Fab fragment


分子量: 22481.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: G0YP42*PLUS
#4: 抗体 murine antibody 6A6 Fab fragment


分子量: 23815.732 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01863*PLUS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.49 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
118 mg/mlprotein1drop
225 mMTris-HCl1droppH8.0
320 %PEG33501reservoir
4100 mMTris1reservoirpH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.917 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 72248 / Num. obs: 72248 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 52.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.477 / Num. unique all: 7157 / % possible all: 98
反射
*PLUS
Num. measured all: 310288
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98 % / Num. unique obs: 7157 / Num. measured obs: 26775 / Mean I/σ(I) obs: 2.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR98.1精密化
HKL-2000データ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 1JPS, 1GIG

1jps

1gig


解像度: 2.5→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 2174 3 %RANDOM
Rwork0.217 ---
all0.22 72089 --
obs0.217 71280 98.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 34.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.49 Å2-3.07 Å20.05 Å2
2--1.27 Å2-0.64 Å2
3----1.76 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.42 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13008 0 0 274 13282
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.41
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.82
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it52
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it52
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it5.92
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.402 206 2.9 %
Rwork0.332 6829 -
obs-7035 98 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1MSI_XPLOR_PARHCSDX.PROMSI_XPLOR_TOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARWAT.PROTOPWAT.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection Rfree: 2193 / % reflection Rfree: 3 % / Rfactor Rfree: 0.267 / Rfactor Rwork: 0.219
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.41
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.411 / Rfactor Rwork: 0.341

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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