PDB-1pfc: MOLECULAR-REPLACEMENT STRUCTURE OF GUINEA PIG IGG1 P*FC(PRIME) RE...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1pfc

タイトル

MOLECULAR-REPLACEMENT STRUCTURE OF GUINEA PIG IGG1 P*FC(PRIME) REFINED AT 3.1 ANGSTROMS RESOLUTION

要素

IGG1 PFC' FC

キーワード

IMMUNOGLOBULIN

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Cavia porcellus (哺乳類)

手法

X線回折 / 解像度: 3.125 Å

データ登録者

Bryant, S.H. / Amzel, L.M. / Poljak, R.J. / Phizackerley, R.P.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1985
タイトル: Molecular-Replacement Structure of Guinea Pig Igg1 Pfc(Prime) Refined at 3.1 Angstroms Resolution
著者: Bryant, S.H. / Amzel, L.M. / Phizackerley, R.P. / Poljak, R.J.

履歴

登録	1981年10月28日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1982年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年6月5日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1pfc.cif.gz	36.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1pfc.ent.gz	21.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1pfc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1pfc_validation.pdf.gz	394.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1pfc_full_validation.pdf.gz	445.4 KB	表示
XML形式データ	1pfc_validation.xml.gz	12.1 KB	表示
CIF形式データ	1pfc_validation.cif.gz	15.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/1pfc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/1pfc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3ugr-d 4rlj-d 5mf5-d 5yll-1 4rzl-1 3ld5-d 3heq-1 2byh-d 6ve5-d 5ylk-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: IGG1 PFC' FC

12.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: IGG1 PFC' FC

登録者が定義した集合体
25.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.570, 60.570, 136.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

#1: タンパク質	IGG1 PFC' FC 分子量: 12690.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cavia porcellus (哺乳類)
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.1 %
結晶化	*PLUS 手法: unknown

-
データ収集

放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1

-
解析

精密化

解像度: 3.125→5 Å / R_factor R_work: 0.303

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.125→5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	878	0	0	0	878

精密化

*PLUS

R_factor obs: 0.303

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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