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- PDB-1pfb: Structural Basis for specific binding of polycomb chromodomain to... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pfb
タイトルStructural Basis for specific binding of polycomb chromodomain to histone H3 methylated at K27
要素
  • Histone H3, embryonic
  • Polycomb protein
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / chromatin / histone methylation / polycomb / chromodomain
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of response to gamma radiation / specification of segmental identity, abdomen / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of transcription cofactors / Regulation of PTEN gene transcription / syncytial blastoderm mitotic cell cycle / polytene chromosome band / ventral cord development ...negative regulation of response to gamma radiation / specification of segmental identity, abdomen / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of transcription cofactors / Regulation of PTEN gene transcription / syncytial blastoderm mitotic cell cycle / polytene chromosome band / ventral cord development / Oxidative Stress Induced Senescence / PRC1 complex / polytene chromosome / anterior/posterior axis specification / neuron remodeling / : / neurogenesis / wound healing / structural constituent of chromatin / nucleosome / heterochromatin formation / sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / CBX family C-terminal motif / CBX family C-terminal motif / Chromo domain subgroup / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 ...: / CBX family C-terminal motif / CBX family C-terminal motif / Chromo domain subgroup / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / BETA-MERCAPTOETHANOL / Histone H3, embryonic / Polycomb group protein Pc
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Min, J.R. / Zhang, Y. / Xu, R.-M.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2003
タイトル: Structural basis for specific binding of Polycomb chromodomain to histone H3 methylated at Lys 27.
著者: Min, J.R. / Zhang, Y. / Xu, R.-M.
履歴
登録2003年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polycomb protein
B: Histone H3, embryonic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1746
ポリマ－7,9652
非ポリマー2094
水2,648147
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1560 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area4880 Å2
手法PISA
2
A: Polycomb protein
B: Histone H3, embryonic
ヘテロ分子

A: Polycomb protein
B: Histone H3, embryonic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,34912
ポリマ－15,9304
非ポリマー4188
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_655-x+1,-y+1/2,z1
Buried area4300 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area8830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.429, 77.033, 77.273
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-203-

CL

21A-204-

CL

31A-205-

HOH

41A-332-

HOH

51A-339-

HOH

61A-340-

HOH

71A-341-

HOH

81B-2-

HOH

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Polycomb protein


分子量: 6806.826 Da / 分子数: 1 / 断片: chromodomain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: PC OR CG7618 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P26017
#2: タンパク質・ペプチド Histone H3, embryonic


分子量: 1158.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. It is naturally found in Strongylocentrotus purpuratus.
参照: UniProt: P06352

-
非ポリマー , 4種, 151分子

#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.39 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG8000, 200mM ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
115 mg/mlprotein1drop
25 %Tris1droppH8.0
3200 mM1dropNaCl
41 mMEDTA1drop
51 mMdithiothreitol1drop
6100 mMsodium cacodylate1reservoirpH6.5
70.2 Mammonium sulfate1reservoir
830 %PEG80001reservoir
910 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月19日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. all: 19520 / Num. obs: 17050 / % possible obs: 86.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / % possible all: 42.3
反射
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / Num. measured all: 85538 / Rmerge(I) obs: 0.042
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / % possible obs: 42.3 % / Num. unique obs: 811 / Rmerge(I) obs: 0.195 / Mean I/σ(I) obs: 4.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
MADNESSデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
MADNESSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→27.28 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.216 1701 random
Rwork0.197 --
all-17050 -
obs-17050 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→27.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数559 0 6 151 716
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 50 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.29
X-RAY DIFFRACTIONdihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONdihedral_angle_deg24.12
X-RAY DIFFRACTIONimproper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONimproper_angle_deg0.7
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 1.46 Å / Rfactor Rfree: 0.32 / Rfactor Rwork: 0.298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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