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万見
- PDB-1peo: Ribonucleotide Reductase Protein R1E from Salmonella typhimurium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1peo
タイトルRibonucleotide Reductase Protein R1E from Salmonella typhimurium
要素Ribonucleoside-diphosphate reductase 2 alpha chain
キーワードOXIDOREDUCTASE / 10 stranded alpha/beta barrel / protein-specificity-effector complex / dCTP
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
50s Ribosomal Protein L19e, Chain O, domain 1 - #20 / Ribonucleotide reductase N-terminal / Ribonucleotide reductase, class 1b, subunit NrdE / Ribonucleotide reductase N-terminal / 50s Ribosomal Protein L19e, Chain O, domain 1 / Ribonucleotide reductase, class I , alpha subunit / Ribonucleotide reductase large subunit signature. / Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit / Ribonucleotide reductase R1 subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase large subunit, N-terminal ...50s Ribosomal Protein L19e, Chain O, domain 1 - #20 / Ribonucleotide reductase N-terminal / Ribonucleotide reductase, class 1b, subunit NrdE / Ribonucleotide reductase N-terminal / 50s Ribosomal Protein L19e, Chain O, domain 1 / Ribonucleotide reductase, class I , alpha subunit / Ribonucleotide reductase large subunit signature. / Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit / Ribonucleotide reductase R1 subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase large subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase, all-alpha domain / Ribonucleotide reductase large subunit, C-terminal / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain - #20 / Ribonucleotide reductase, barrel domain / Alpha-Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / Ribonucleoside-diphosphate reductase 2 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Uppsten, M. / Farnegardh, M. / Jordan, A. / Eliasson, R. / Eklund, H. / Uhlin, U.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structure of the large subunit of class Ib ribonucleotide reductase from Salmonella typhimurium and its complexes with allosteric effectors.
著者: Uppsten, M. / Farnegardh, M. / Jordan, A. / Eliasson, R. / Eklund, H. / Uhlin, U.
履歴
登録2003年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase 2 alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,1783
ポリマ－80,6861
非ポリマー4912
水00
1
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase 2 alpha chain
ヘテロ分子

A: Ribonucleoside-diphosphate reductase 2 alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,3556
ポリマ－161,3722
非ポリマー9834
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)98.938, 98.938, 289.151
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細The biological homodimer is generated by the two fold axis: -y, -x, -z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Ribonucleoside-diphosphate reductase 2 alpha chain / Ribonucleotide reductase 2 / R1E protein


分子量: 80686.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: NRDE OR STM2807 / プラスミド: pET24a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q08698, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-DCP / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dCTP


分子量: 467.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O13P3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.94 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: sodium malonate, magnesium chloride, DTT, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9393 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月22日
放射モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→40 Å / Num. all: 28924 / Num. obs: 28924 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.35 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 0.45 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: poly-alanin model of ribonucleotide reductase protein R1 from E.coli

解像度: 3→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 17.582 / SU ML: 0.338 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.59 / ESU R Free: 0.34 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2524 1508 5.1 %RANDOM
Rwork0.20621 ---
all0.2084 28258 --
obs0.20847 28258 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.085 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6 Å20 Å20 Å2
2---0.6 Å20 Å2
3---1.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5436 0 29 0 5465
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.0215627
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025039
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3591.9437623
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.992311651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0113683
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg20.92715985
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2824
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.026310
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021248
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3050.31773
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2580.35859
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1840.5356
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1270.514
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0660.51
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1980.326
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2620.386
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1190.56
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0141.53402
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.94525464
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.79832225
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.914.52159
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.074 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.396 102 -
Rwork0.286 1997 -
obs--98.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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