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万見
- PDB-1peh: NMR STRUCTURE OF THE MEMBRANE-BINDING DOMAIN OF CTP PHOSPHOCHOLIN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1peh
タイトルNMR STRUCTURE OF THE MEMBRANE-BINDING DOMAIN OF CTP PHOSPHOCHOLINE CYTIDYLYLTRANSFERASE, 10 STRUCTURES
要素PEPNH1
キーワードNUCLEOTIDYLTRANSFERASE / TRANSFERASE / PHOSPHOLIPID BIOSYNTHESIS / MEMBRANE / PHOSPHORYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of PC / CDP-choline pathway / choline-phosphate cytidylyltransferase / choline-phosphate cytidylyltransferase activity / glycogen granule / phosphatidylcholine biosynthetic process / phosphatidylcholine binding / isotype switching / extrinsic component of membrane / molecular function inhibitor activity ...Synthesis of PC / CDP-choline pathway / choline-phosphate cytidylyltransferase / choline-phosphate cytidylyltransferase activity / glycogen granule / phosphatidylcholine biosynthetic process / phosphatidylcholine binding / isotype switching / extrinsic component of membrane / molecular function inhibitor activity / B cell proliferation / nuclear envelope / calmodulin binding / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Choline-phosphate cytidylyltransferase Pcy1-like / CTP:phosphocholine cytidylyltransferase domain / Cytidylyltransferase-like / Cytidyltransferase-like domain / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Choline-phosphate cytidylyltransferase A
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / RESTRAINED DISTANCE GEOMETRY
データ登録者Dunne, S.J. / Cornell, R.B. / Johnson, J.E. / Glover, N.R. / Tracey, A.S.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Structure of the membrane binding domain of CTP:phosphocholine cytidylyltransferase.
著者: Dunne, S.J. / Cornell, R.B. / Johnson, J.E. / Glover, N.R. / Tracey, A.S.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Membrane-Binding Amphipathic Alpha-Helical Peptide Derived from Ctp:Phosphocholine Cytidylyltransferase
著者: Johnson, J.E. / Cornell, R.B.
履歴
登録1996年6月10日処理サイト: BNL
改定 1.01996年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_ensemble / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _entity.src_method / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_ensemble.conformer_selection_criteria / _pdbx_nmr_spectrometer.field_strength
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEPNH1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,1491
ポリマ－4,1491
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area270 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area4230 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 10all calculated structures submitted
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド PEPNH1 / CYTIDYLYLTRANSFERASE MEMBRANE BINDING DOMAIN PEPTIDE


分子量: 4148.823 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 236 - 268 / 変異: F263W / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Rattus norvegicus (ドブネズミ)
参照: UniProt: P19836, choline-phosphate cytidylyltransferase
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111COSY
121TOCSY
131NOESY

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試料調製

試料状態pH: 5.2 / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX600 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX600 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DGIIBIOSYM精密化
BIOSYM MOLECULAR SIMULATIONS/FELIXSIMULATIONS/FELIX構造決定
精密化手法: RESTRAINED DISTANCE GEOMETRY / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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